품질 정보를 이용한 서열 배치 알고리즘

나중채; 노강호; 박근수

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자료유형: 학술저널

저자정보: 나중채 노강호 박근수

저널정보: Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 제32권 제11·12호

발행연도: 2005.12

수록면: 578 - 587 (9page)

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본 논문에서 다루는 문제는 품질 정보를 가지는 서열을 배치(alignment)하는 알고리즘이다. 시퀀싱(sequencing) 작업의 일부인 염기 결정 프로그램(base-calling program)에 의해서 생성되는 DNA 서열은 각 염기가 어느 정도 신뢰할 수 있는 가를 나타내는 품질 정보를 가진다. 그러나 지금까지 개발된 서열 배치 알고리즘들은 이러한 품질 정보를 고려하지 않았다. 본 논문에서는 품질 정보를 가지는 두 서열의 배치를 평가하는 기준을 제시한다. 이 평가 기준에 의한 최적의 서열 배치는 동적 프로그래밍(dynamic programming) 기법에 의해서 찾을 수 있다.

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[학술지(정기간행물)] - Waterman, M.S / 1995. / Introduction to Computational Biology

[학술지(정기간행물)] - Gusfield, D., / 1997. / Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer science and Computational Biology

[학술지(정기간행물)] - Apostolico, A. and Giancarlo, R / 1998. / Sequence Alignment in Molecular Biology : 173 ~ 196

[학술지(정기간행물)] - Pevzner, P / 2000. / Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach

[학술지(정기간행물)] - Needleman / 1970. / A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequences of two proteins : 443 ~ 453

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