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Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 제35권 제5·6호
발행연도
2008.6
수록면
237 - 247 (11page)

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가상 탐색은 대규모의 화학분자 데이타베이스의 화학분자 데이타들을 분자 다킹과 같은 컴퓨팅 기술을 이용하여 한정된 소규모의 화학분자만을 스크리닝하는 과정으로, 대규모 컴퓨팅 파워와 데이타 저장 용량을 요구하는 대표적인 대규모의 과학 어플리케이션이다. AutoDock, FlexX, Glide, DOCK, LigandFit, ViSION 등과 같은 기존의 분자 다킹 소프트웨어나 어플리케이션들은 슈퍼 컴퓨터, 단일 클러스터, 또는 단일 워크스테이션 등을 이용하여 작업을 수행하도록 개발되었다. 하지만 슈퍼컴퓨터를 이용한 가상 탐색은 너무 많은 비용이 든다는 문제점이 있고, 단일 클러스터나 워크스테이션을 이용한 가상 탐색은 오랜 수행 시간이 요구되는 문제점을 가지고 있다. 이에 본 논문에서는 대규모의 데이타 집약적인 연산을 지원하는 그리드 컴퓨팅 기술을 이용하는 서비스 기반 가상 탐색 시스템을 제안한다. 이를 위해 본 논문에서는 가상 탐색을 위한 3차원 화학 데이타베이스를 구축하였다. 그리고 효율적인 분자 다킹 서비스를 제공하기 위해 자원 브로커와 데이타 브로커를 설계하고 가상 탐색을 위한 다양한 서비스들을 제안하였다. 본 논문에서는 DOCK 5.0과 Globus 3.2를 이용하여 서비스 기반 가상 탐색 시스템을 구현하고 성능 평가를 실시하였다. 본 논문에서 구현한 서비스 기반 가상 탐색 시스템은 신약 개발이나 신소재 개발 과정에서 연구 개발 기간을 단축하고 개발 비용을 절감할 수 있다.
#가상 탐색 #분자 다킹 #그리드 컴퓨팅 #웹 서비스 #Virtual screening #molecular docking #Grid computing #web service

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 관련 연구
3. 가상 탐색을 위한 3차원 화학 데이타베이스 구축
4. 서비스 기반 가상 탐색 시스템 구조
5. 자원 브로커와 데이타 브로커 설계
6. 가상 탐색을 위한 서비스 설계
7. 구현 및 실험
8. 결론 및 향후 과제
참고문헌

참고문헌 (17)

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1. [학술지(정기간행물)] - Shoichet / 1992 / Molecular docking using shape descriptors / Journal of Computational Chemistry 13 (3) : 380 ~ 397 google schola 2. [학술지(정기간행물)] - Morris / 1996 / Distributed automated docking of flexible ligands to proteins: Parallel applications of AutoDock 2.4 / Journal of Computer-Aided Molecular Design 10 : 293 ~ 304 google schola 3. [학술지(정기간행물)] - H. Claußen / 2001 / FlexE: Efficient Molecular Docking into Flexible Protein Structures / Journal of Molecular Biology 308 : 377 ~ 395 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - S. Makino / 1997 / Automated Flexible Ligand Docking Method and Its Application for Database Search / J. Comp. Chem 18 (14) : 1812 ~ 1825 google schola 5. [단행본] - C.M. Venkatachalam / 2002 / LigandFit: A Novel method for the Shape-Directed Rapid Docking of Ligands to Protein Active Sites / J. Mol. Graphics Modeling google schola

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