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논문 기본 정보

자료유형
학술대회자료
저자정보
이진우 (광운대학교)
저널정보
한국산업응용수학회 한국산업응용수학회 학술대회 논문집 한국산업응용수학회 학술대회 논문집 Vol.4 No.2
발행연도
2009.11
수록면
87 - 90 (4page)

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단백질 입자간 상호작용은 슈레딩거 방정식의 지배를 받는다. 하지만 거대한 생체분자에 대해 슈레딩거 방정식을 풀 수 있는 방법이 없다. 따라서 단백질 입자간 상호작용을 연구하기 위해서는 분자간 상호작용을 효과적으로 묘사할 수 있는 에너지 함수를 개발하여야 한다. 단백질 입잔 간 상호작용을 연구하기 위해서 가장 중요하게 고려되어야 할 사항은 한 원자의 행동이 주변 환경의 영향으로 다른 특성을 보인다는 점이다. 기본적으로 단백질-단백질 간 상호작용도 단백질 원자간 상호작용과 같은 물리-화학적 원리를 따르도록 되어있다. 따라서 양자역학적 계산에 의해서만 밝혀질 수 있는 이러한 특성들을 고려하기 위해 본 연구는 기존의 에너지 함수들이 사용하는 "원가 간" 상호작용을 기술하는 접근방식에 근본적 변화를 가하려 한다. 함수 형태가 "고정된 원자종류"에 기반 해서는 주변 환경에 따라 변하는 그 특성을 잡아낼 수가 없다. 따라서 본 연구는 "원자의 주변 환경" 이라는 새로운 개념을 설정하고, 그 "원자의 주변 환경 간" 상호작용을 기술하는 함수를 고안하려 한다. "원자의 주변 환경"을 정의하기 위해 진화적으로 가까운 친척관계에 있는, 따라서 구조가 유사한 단백질들을 서열 정렬하여 그들의 아미노산 특성을 행렬로 표시하고, 이들을 분류하여 "환경"을 정의 한다. 이들의 상호작용은 데이터베이스 조사를 통해 계산될 것이며, 이렇게 구성된 함수는 실제 단백질 구조 예측을 통해 그 효용성을 보일 것이다.

목차

요약
효과적인 에너지 함수
실험 결과
감사의 말
참고문헌

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