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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 발행연도
- 2009.3
- 수록면
- 63 - 67 (5page)
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Escherichia coli K-12 (E. coli K-12) is a representative indicator globally used for distinguishing and monitoring dynamic fates of pathogenic microorganisms in the environment. This study investigated how to most critically quantify lacZ (β-galactosidase) gene in E. coli K-12 by two different real-time polymerase chain reaction (real-time PCR) in association with three different DNA extraction practices. Three DNA extractions, i.e., sodium dodecyl sulfate (SDS)/proteinase K, magnetic beads and guanidium thiocyanate (GTC)/silica matrix were each compared for extracting total genomic DNA from E. coli K-12. Among them, GTC/silica matrix and magnetic beads beating similarly worked out to have the highest (22-23 ng/μL) concentration of DNA extracted, but employing SDS/proteinase K had the lowest (10 ng/μL) concentration of DNA retrieved. There were no significant differences in the quantification of the copy numbers of lacZ gene between SYBR Green I qPCR and QProbe-qPCR. However, SYBR Green I qPCR obtained somewhat higher copy number as 1×10(8) copies. It was decided that GTC/silica matrix extraction or magnetic beads beating in combination with SYBR Green I qPCR can be preferably applied for more effectively quantifying specific gene from a pure culture of microorganism.
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1. [학술지(정기간행물)] - L. Masco, L / 2007 / Evaluation of real-time PCR targeting the 16S rRNA and recA genes for the enumeration of bifidobacteria in probiotic products / Int. J. Food Microbiol 113 : 35 ~ 357
2. [학술지(정기간행물)] - Hilde, V. R / 2006 / Real time PCR quantification in groundwater of the dehalorespiring Desulfitobacterium dichloroeliminans strain DCA1 / J. Microbiolo. Methods 67 : 294 ~ 303
3. [학술지(정기간행물)] - Yin, L / 2006 / Real time PCR using TaqMan and SYBR Green for detection of Enterobacter sakazakii in infant formula / J. Microbiolo. Methods 65 : 21 ~ 31
4. [학술지(정기간행물)] - Cecilia, S. M / 2007 / Comparison of DNA extraction methods for pathogenic Yersinia enterocolitica detection from meat food by nested PCR / Food Res. Int 40 : 637 ~ 642
5. [학술지(정기간행물)] - Chris, A. W / 2007 / Comparison of five commercial DNA extraction kits for the recovery of Francisella tularensis DNA from spiked soil samples / Mol. Cell. Probes 21 : 92 ~ 96
2. [학술지(정기간행물)] - Hilde, V. R / 2006 / Real time PCR quantification in groundwater of the dehalorespiring Desulfitobacterium dichloroeliminans strain DCA1 / J. Microbiolo. Methods 67 : 294 ~ 303
3. [학술지(정기간행물)] - Yin, L / 2006 / Real time PCR using TaqMan and SYBR Green for detection of Enterobacter sakazakii in infant formula / J. Microbiolo. Methods 65 : 21 ~ 31
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