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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
김영호 (인하대학교) 심정섭 (인하대학교)
저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers Journal of KIISE Journal of KIISE Vol.44 No.8
발행연도
2017.8
수록면
760 - 766 (7page)
DOI
10.5626/JOK.2017.44.8.760

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반복적인 문자열은 데이터압축, 생물정보학 등 여러 분야에서 연구되어 왔다. 본 논문에서는 음악서열이나 주가지수와 같이 정수로 표현될 수 있는 문자열에 대한 반복에 대해 연구한다. 최근 정수문자열의 최소 δ-근사주기와 최소 γ-근사주기를 찾는 문제들이 소개되었고, 문자열의 길이가 n일 때, 두 문제를 각각 O(n²)시간에 해결하는 알고리즘들이 제시되었다. 본 논문에서는 위의 두 문제에 대해 각각 O(n²)개의 스레드를 이용하여 O(n) 시간에 해결하는 병렬알고리즘을 제시한다. 실험결과, n = 10,000일 때, 본 논문에서 제시하는 병렬알고리즘은 순차알고리즘보다 최소 δ-근사주기를 계산하는데 약 19.7배, 최소 γ-근사주기를 계산하는데 약 40.08배 빠른 수행시간을 보였다.
#반복문자열 #근사문자열매칭 #δ-근사주기 #γ-근사주기 #병렬알고리즘 #CUDA #repetitive strings #approximate string matching #δ-approximate periods #γ-approximate periods #parallel algorithm

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 관련 연구
3. 최소 δ-근사주기와 최소 γ-근사주기 병렬 계산 알고리즘
4. 실험 결과
5. 결론
References

참고문헌 (13)

참고문헌 신청
M. Burrows, D. J. Wheeler, A Block-sorting Lossless Data Compression Algorithm, Technical report 124. Palo Alto, CA: Digital Equipment Corporation, 1994. A. T. Castelo, W. Martins and G. R. Gao, TROLL ?Tandem Repeat Occurrence Locator, Bioinformatics, Vol. 18, No. 4, pp. 634-636, 2002. A. Apostolico, D. Breslauer, An Optimal  loglog  Time Parallel Algorithm for Detecting all Squares in a String, SIAM Journal on Computing, Vol. 25, No. 6, pp. 1318-1331, 1996. J. S. Sim, C. S. Iliopoulos, K. Park, W. F. Smyth, Approximate periods of strings, Theoretical Computer Science, Vol. 262, pp. 557-568, 2001. J. H. Jeong, Y. H. Kim, J. C. Na, J. S. Sim, Approximate periods of strings based on distance sum for DNA sequence analysis, KIPS Transactions on Software and Data Engineering, Vol. 2, No. 2, pp. 119-122, 2013. (in Korean)

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