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저자정보
김만선 (충남대학교) 김정래 (서울시립대) 임용표 (충남대학교)
저널정보
한국지능시스템학회 한국지능시스템학회 논문지 한국지능시스템학회 논문지 제28권 제5호
발행연도
2018.10
수록면
507 - 513 (7page)
DOI
10.5391/JKIIS.2018.28.5.507

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배추(Brassica rapa ssp. pekinensis)는 대한민국뿐만 아니라 중국, 일본과 같은 아시아 국가에서 중요한 원예 작물 중 하나이다. 최근, 대용량 스크리닝 기술의 발전으로 인하여 전사체(transcriptome)를 대상으로 분석하는 연구가 많이 진행되고 있다. 특히, 유전자 발현의 차이를 기반으로 네트워크를 재구성하는 연구가 활발하게 진행되고 있는데, 발현의 차이가 조직 및 기관의 발달과정(developmental process)에서의 차이로 이어진다고 여겨진다. 최근까지 식물모델인 아기장대와 여러 동물모델에서는 이러한 연구가 많이 진행되었으나, 보다 복잡한 3배체를 갖는 유채과의 하나인 배추(Chinese cabbage)에서는 이런 연구가 많이 되어있지 않다. 우리는 단백질 상호작용 네트워크 재구성 접근법을 통해 배추의 5가지(flower, root, inner leaf, outer leaf, young leaf) 조직에 대하여 조직 특이적 특성을 밝히고자 한다. 그 결과, 꽃(flower) 조직에서는 생식관련 기능, 뿌리(root) 조직에서는 세포벽에 관한 기능, 잎(inner, outer and seedling leaf) 조직에서는 다양한 환경에 대응하는 기능 및 엽록체 관련 기능을 수행하는 것을 확인하였다. 본 연구는 또한 조직 특이적 발현 유전자들을 발굴하고, 네트워크를 연구함으로써 생명체를 구성하는 여러 요소들의 유기적인 상호 관계를 분석하였다. 이런 결과는 식물의 유전 연구와 식물 육종에 유용한 자원으로 이용될 수 있다.
#단백질 상호작용 네트워크 #배추 #시스템 생물학 #부분 네트워크 동정 #Protein-protein interaction network #Brassica rapa #plant biology #systems biology #sub-network identification

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 분석 방법
3. 결과 및 토의
4. 결론
References

참고문헌 (18)

참고문헌 신청
Man-Sun Kim, et al., “Identification and characterization of the leaf specific networks of inner and rosette leaves in Brassica rapa”, Biochemical and Biophysical Research Communications, vol. 490, pp. 821-826, 2017. Kyung Mi Lee, Keon Myung Lee, “Candidate Marker Identification from Gene Expression Data with Attribute Value Discretization and Negation”, Journal of Korean Institute of Intelligent Systems, vol. 21, no. 5, pp. 575-580, 2011. Man-Sun Kim, Jeong-Rae Kim, “Characterization of the Alzheimer’s disease-related network based on the dynamic network approach”, Journal of Korean Institute of Intelligent Systems, vol. 25, no. 6, pp. 529-535, 2015. S un A Lee, Keon Myung Lee, Seung-Joo Lee, Wun-Jea Kim, Yong- June Kim, Suk Cheol Bae, “Gene filtering based on fuzzy pattern matching for whole genome microarray data analysis”, Journal of Korean Institute of Intelligent Systems, vol. 18, no. 4, pp. 471-475, 2008. Dongsan Kim, Man-Sun Kim, Kwang-Hyun Cho, “The core regulation module of stress-responsive regulatory networks in yeast”, Nucleic Acids Research, vol. 40, pp. 8793-8802, 2012.

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