Development of InDel markers to identify Capsicum disease resistance using whole genome resequencing

Sandeep Karna; 안율균

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자료유형: 학술저널

저자정보: Sandeep Karna 안율균

저널정보: 한국식물생명공학회 Journal of Plant Biotechnology Journal of Plant Biotechnology 제45권 제3호

발행연도: 2018.1

수록면: 228 - 235 (8page)

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In this study, two pepper varieties, PRH1 (powdery mildew resistance line) and Saengryeg (powdery mildew resistance line), were resequenced using next generation sequencing technology in order to develop InDel markers. The genome-wide discovery of InDel variation was performed by comparing the whole-genome resequencing data of two pepper varieties to the Capsicum annuum cv. CM334 reference genome. A total of 334,236 and 318,256 InDels were identified in PRH1 and Saengryeg, respectively. The greatest number of homozygous InDels were discovered on chromosome 1 in PRH1 (24,954) and on chromosome 10 (29,552) in Saengryeg. Among these homozygous InDels, 19,094 and 4,885 InDels were distributed in the genic regions of PRH1 and Saengryeg, respectively, and 198,570 and 183,468 InDels were distributed in the intergenic regions. We have identified 197,821 polymorphic InDels between PRH1 and Saengryeg. A total of 11,697 primers sets were generated, resulting in the discovery of four polymorphic InDel markers. These new markers will be utilized in order to identify disease resistance genotypes in breeding populations. Therefore, our results will make a one-step advancement in whole genome resequencing and add genetic resource datasets in pepper breeding research.

참고문헌 (31)

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Doyle JJ / 1987 / A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue / Phytochem Bull 19:11~15

Fakrudin B / 2006 / DNA-based marker systems and their utility in entomology / Entomologica Fennica 17

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