Strategy for Determining the Structures of Large Biomolecules using the Torsion Angle Dynamics of CYANA

지준구

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자료유형: 학술저널

저자정보: 지준구

저널정보: 한국자기공명학회 Journal of the Korean Magnetic Resonance Society Journal of the Korean Magnetic Resonance Society 제20권 제4호

발행연도: 2016.1

수록면: 102 - 108 (7page)

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With the rapid increase of data on protein-protein interactions, the need for delineating the 3D structures of huge protein complexes has increased. The protocols for determining nuclear magnetic resonance (NMR) structure can be applied to modeling complex structures coupled with sparse experimental restraints. In this report, I suggest the use of multiple rigid bodies for improving the efficiency of NMR-assisted structure modeling of huge complexes using CYANA. By preparing a region of known structure as a new type of residue that has no torsion angle, one can facilitate the search of the conformational spaces. This method has a distinct advantage over the rigidification of a region with synthetic distance restraints, particularly for the calculation of huge molecules. I have demonstrated the idea with calculations of decaubiquitins that are linked via Lys6, Lys11, Lys27, Lys29, Lys33, Lys48, or Lys63, or head to tail. Here, the ubiquitin region consisting of residues 1‒70 was treated as a rigid body with a new residue. The efficiency of the calculation was further demonstrated in Lys48-linked decaubiquitin with ambiguous distance restraints. The approach can be readily extended to either protein-protein complexes or large proteins consisting of several domains.

#NMR #Structure calculation #Complex structure #Torsion angle dynamics

참고문헌 (18)

참고문헌 신청

K. Wüthrich / 1986 / NMR of Proteins and Nucleic Acids / Wiley

T. Herrmann / 2002 / J. Mol. Biol 319:209

J. G. Jee / 2003 / J. Struct. Funct. Genomics 4:179

C. Dominguez / 2003 / J. Am. Chem. Soc 125:1731

T. A. Hopf / 2014 / Elife 3:e03430

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