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논문 기본 정보

자료유형
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저자정보
저널정보
대한생화학·분자생물학회 Experimental and Molecular Medicine Experimental and Molecular Medicine 제42권 제7호
발행연도
2010.1
수록면
484 - 502 (19page)

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Epigenomic and genomic changes affect gene expression and contribute to tumor development. The histone modifications trimethylated histone H3 lysine 4 (H3K4me3) and lysine 27 (H3K27me3) are epigenetic regulators associated to active and silenced genes, respectively and alterations of these modifications have been observed in cancer. Furthermore, genomic aberrations such as DNA copy number changes are common events in tumors. Pheochromocytoma is a rare endocrine tumor of the adrenal gland that mostly occurs sporadic with unknown epigenetic/genetic cause. The majority of cases are benign. Here we aimed to combine the genome-wide profiling of H3K4me3 and H3K27me3, obtained by the ChIP-chip methodology,and DNA copy number data with global gene expression examination in a malignant pheochromocytoma sample. The integrated analysis of the tumor expression levels, in relation to normal adrenal medulla,indicated that either histone modifications or chromosomal alterations, or both, have great impact on the expression of a substantial fraction of the genes in the investigated sample. Candidate tumor suppressor genes identified with decreased expression, a H3K27me3 mark and/or in regions of deletion were for instance TGIF1, DSC3, TNFRSF10B, RASSF2, HOXA9,PTPRE and CDH11. More genes were found with increased expression, a H3K4me3 mark, and/or in regions of gain. Potential oncogenes detected among those were GNAS, INSM1, DOK5, ETV1, RET, NTRK1,IGF2, and the H3K27 trimethylase gene EZH2. Our approach to associate histone methylations and DNA copy number changes to gene expression revealed apparent impact on global gene transcription, and enabled the identification of candidate tumor genes for further exploration.
#histone code #DNA copy number changes #gene expression #oncogenes #pheochromocytoma #tumor suppressor genes

목차

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Aarts M / 2006 / Microarray-based CGH of sporadic and syndrome-related pheochromocytomas using a 0.1-0.2 Mb bacterial artificial chromosome array spanning chromosome arm 1p / google schola Abate-Shen C / 2002 / Deregulated homeobox gene expression in cancer: cause or consequence? / Nat Rev Cancer 2 : 777 ~ 785 google schola Acevedo LG / 2008 / Analysis of the mechanisms mediating tumor-specific changes in gene expression in human liver tumors / Cancer Res 68 : 2641 ~ 2651 google schola Alaminos M / 2004 / Clustering of gene hypermethylation associated with clinical risk groups in neuroblastoma / J Natl Cancer In 96 : 1208 ~ 1219 google schola Ameur A / 2006 / The LCB Data Warehouse / Bioinformatics 22 : 1024 ~ 1026 google schola

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