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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
저널정보
한국미생물생명공학회 Journal of Microbiology and Biotechnology Journal of Microbiology and Biotechnology 제28권 제8호
발행연도
2018.1
수록면
1,352 - 1,359 (8page)

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Lactobacillus plantarum is a lactic acid bacterium that promotes animal intestinal health as a probiotic and is found in a wide variety of habitats. Here, we investigated the genomic features of different clusters of L. plantarum strains via pan-genomic analysis. We compared the genomes of 108 L. plantarum strains that were available from the NCBI GenBank database. These genomes were 2.9-3.7 Mbp in size and 44-45% in G+C content. A total of 8,847 orthologs were collected, and 1,709 genes were identified to be shared as core genes by all the strains analyzed. On the basis of SNPs from the core genes, 108 strains were clustered into five major groups (G1–G5) that are different from previous reports and are not clearly associated with habitats. Analysis of group-specific enriched or depleted genes revealed that G1 and G2 were rich in genes for carbohydrate utilization (L-arabinose, L-rhamnose, and fructooligosaccharides) and that G3, G4, and G5 possessed more genes for the restrictionmodification system and MazEF toxin-antitoxin. These results indicate that there are critical differences in gene content and survival strategies among genetically clustered L. plantarum strains, regardless of habitats.

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Holzapfel W / 2012 / The Genera of Lactic Acid Bacteria / Springer Science & Business Media google schola Makarova KS / 2007 / Evolutionary genomics of lactic acid bacteria / J. Bacteriol. 189:1199~1208 Crossref De Vries MC / 2006 / Lactobacillus plantarum - survival, functional and potential probiotic properties in the human intestinal tract / Int. Dairy J. 16:1018~1028 Crossref Zago M / 2011 / Characterization and probiotic potential of Lactobacillus plantarum strains isolated from cheeses / Food Microbiol. 28:1033~1040 Crossref Saxelin M / 2005 / Probiotic and other functional microbes: from markets to mechanisms / Curr. Opin. Biotechnol. 16:204~211 Crossref

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