Genetic diversity assessment of lily genotypes native to Korea based on simple sequence repeat markers

이긍주

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자료유형: 학술저널

저자정보: 이긍주

저널정보: 한국식물생명공학회 Journal of Plant Biotechnology Journal of Plant Biotechnology 제46권 제3호

발행연도: 2019.1

수록면: 158 - 164 (7page)

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Molecular characterization of different genotypes reveals accurate information about the degree of genetic diversity that helps to develop a proper breeding program. In this study, a total of 30 EST-based simple sequence repeat (EST-SSR) markers derived from trumpet lily (Lilium longiflorum) were used across 11 native lily species for their genetic relationship. Among these 30 markers, 24 SSR markers that showed polymorphism were used for evaluation of diversity spectrum. The allelic number at per locus ranged from 1 at SSR2 locus to 34 alleles at SSR15 locus, with an average of 11.25 alleles across 24 loci observed. The polymorphic information content, PIC, values ranged from 0.0523 for SSR9 to 0.9919 for SSR2 in all 24 loci with an average of 0.3827. The allelic frequency at every locus ranged from 0.81% at SSR2 locus to 99.6% at SSR14 locus. The pairwise genetic dissimilarity coefficient revealed the highest genetic distance with a value of 81.7% was in between L. dauricum and L. amabile. A relatively closer genetic distance was found between L. lancifolium and L. dauricum, L. maximowiczii and L. concolor, L. maximowiczii and L. distichum (Jeju), L. tsingtauense and L. callosum, L. cernuum and L. distichum (Jeju ecotype), of which dissimilarity coefficient was 50.0%. The molecular fingerprinting based on microsatellite marker could serve boldly to recognize genetically distant accessions and to sort morphologically close as well as duplicate accessions.

참고문헌 (25)

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Biswas MK / 2018 / Exploration and exploitation of novel SSR markers for candidate transcription factor genes in Lilium species / Genes 9:97

Cuc LM / 2008 / Isolation and characterization of novel microsatellite markers and their application for diversity assessment in cultivated groundnut (Arachis hypogea) / BMC Plant Biol 8:55

Du F / 2015 / Selection of generally applicable ssr markers for evaluation of genetic diversity and identity in Lilium / Biochem Syst Ecol 61:278~285

Enoki H / 2002 / SSR analysis of genetic diversity among maize inbred lines adapted to cold regions of Japan / Theor Appl Genet 104:1270~1277

Huang YF / 2009 / Genetic diversity and genetic structure analysis of the natural populations of Lilium brownii from Guangdong, China / Biochem Genet 47:503e~510e

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