Region Identification on a Trained Growing Self-Organizing Map for Sequence Separation between Different Phylogenetic Genomes

Reinhard, Johannes; Chan, Chon-Kit Kenneth; Halgamuge, Saman K.; Tang, Sen-Lin; Kruse, Rudolf

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자료유형: 학술대회자료

저자정보: Reinhard, Johannes (Department of Computer Science, University of Magdeburg) Chan, Chon-Kit Kenneth (Mechatronics Research Group, Department of Mechanical and Manufacturing Engineering, The University of Melbourne) Halgamuge, Saman K. (Mechatronics Research Group, Department of Mechanical and Manufacturing Engineering, The University of Melbourne) Tang, Sen-Lin (School of Veterinary Science, The University of Melbourne) Kruse, Rudolf (Department of Computer Science, University of Magdeburg)

저널정보: 한국생물정보시스템생물학회 한국생물정보시스템생물학회 학술대회 한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005

발행연도: 2005.1

수록면: 124 - 129 (6page)

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The Growing Self-Organizing Map (GSOM), an extended type of the Self-Organizing Map, is a widely accepted tool for clustering high dimensional data. It is also suitable for the clustering of short DNA sequences of phylogenetic genomes by their oligonucleotide frequency. The GSOM presents the result of the clustering process visually on a coloured map, where the clusters can be identified by the user. This paper describes a proposal for automatic cluster detection on this map without any participation by the user. It has been applied with good success on 20 different data sets for the purpose of species separation.

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Reinhard, Johannes

소속기관 Department of Computer Science, University of Magdeburg

주요연구분야 자연과학 > 생물학

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Chan, Chon-Kit Kenneth

소속기관 Mechatronics Research Group, Department of Mechanical and Manufacturing Engineering, The University

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Halgamuge, Saman K.

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Tang, Sen-Lin

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Kruse, Rudolf

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