Use of Stable Isotope Probing in Selectively Isolating Target Microbial Community Genomes from Environmental Samples for Enhancing Resolution in Ecotoxicological Assessment

Park, Joonhong; Congeevaram, Shankar; Ki, Dong-Won; Tiedje, James M.

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자료유형: 학술저널

저자정보: Park, Joonhong (School of Civil and Environmental Engineering, Yonsei University) Congeevaram, Shankar (School of Civil and Environmental Engineering, Yonsei University) Ki, Dong-Won (School of Civil and Environmental Engineering, Yonsei University) Tiedje, James M. (Center for Microbial Ecology, Michigan State University)

저널정보: 대한독성유전단백체학회 Molecular & cellular toxicology Molecular & cellular toxicology 제2권 제1호

발행연도: 2006.1

수록면: 11 - 14 (4page)

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In this study we attempted to develop a novel genomic method to selectively isolate target functional microbial genomes from environmental samples. For this purpose, stable isotope probing (SIP) was applied in selectively isolating organic pollutant-assimilating populations. When soil microbes were fed with $^{13}C-labeled $ biphenyl, biphenyl-utilizing cells were incorporated with the heavy carbon isotope. The heavy DNA portion was successfully separated by CsCl equilibrium density gradient. And the diversity in the heavy DNA was sufficiently reduced, being suitable for the current DNA microarray techniques to detect biphenyl-utilizing populations in the soil. In addition, we proposed a new way to get more genetic information by combining this SIP method with selective metagenomic approach. The increased selective power of these new DNA isolation methods will be expected to provide a good quality of new genetic information, which, in turn, will result in development of a variety of biomarkers that may be used in assessing ecotoxicology issues including the impacts of organic hazards, and antibiotic-resistant pathogens on human and ecological systems.

#Stable isotope probing #SIP) #Ecotoxicology #Environmental samples #Functional genomics #Microarray detection limitation

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이 논문의 저자 정보

Park, Joonhong

소속기관 School of Civil and Environmental Engineering, Yonsei University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

논문수 1 이용수 0

Congeevaram, Shankar

소속기관 School of Civil and Environmental Engineering, Yonsei University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

논문수 1 이용수 0

Ki, Dong-Won

소속기관 School of Civil and Environmental Engineering, Yonsei University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

논문수 1 이용수 0

Tiedje, James M.

소속기관 Center for Microbial Ecology, Michigan State University

주요연구분야 공학 > 건축공학 > 환경공학 자연과학 > 생물학

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