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자료유형
학술저널
저자정보
Keum, Chang-Won (Department of Biosystems, KAIST) Kim, Ji-Hong (NGRI, KNIH) Jung, Jong-Sun (NGRI, KNIH)
저널정보
한국생물정보시스템생물학회 Bioinformatics and Biosystems Bioinformatics and Biosystems 제1권 제2호
발행연도
2006.1
수록면
123 - 127 (5page)

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TIM barrel domain is widely studied since it is one of most common structure and mediates diverse function maintaining overall structure. TIM barrel domain's function is determined by local structural environment at the C-terminal end of barrel structure. We classified TIM barrel domains by local structural alignment tool, LSHEBA, to understand characteristics of TIM barrel domain's functionalvariation. TIM barrel domains classified as the same cluster share common structure, function and ligands. Over 80% of TIM barrels in clusters share exactly the same catalytic function. Comparing clustering result with that of SCOP, we found that it's important to know local structural environment of TIM barrel domains rather than overallstructure to understand specific structural detail of TIM barrel function. Non TIM barrel domains were associated to make different domain combination to form a different function. The relationship between domain combination, we suggested expected evolutional history. We finally analyzed the characteristics of amino acids around ligand interface.

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