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자료유형
학술저널
저자정보
Kang, Seung-Hui (College of Pharmacy and Research Institute of Pharmaceutical Sciences, Seoul National University, Interdisciplinary Program in Bioinformatics, Seoul National University) Park, Jeong-Ae (College of Pharmacy and Research Institute of Pharmaceutical Sciences, Seoul National University) Hong, Soon-Sun (College of Pharmacy and Research Institute of Pharmaceutical Sciences, Seoul National University) Kim, Kyu-Won (College of Pharmacy and Research Institute of Pharmaceutical Sciences, Seoul National University, Interdisciplinary Program in Bioinformatics, Seoul National University)
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제2권 제3호
발행연도
2004.1
수록면
134 - 141 (8page)

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Hepatocellular carcinoma (HCC) is one of the most common malignancies worldwide and a typical hypervascular tumor. Therefore, it is important to find factors related to angiogenesis in the process of HCC malignancy. In order to find angiogenesis-related factors in HCC, we used combined methods of in silico prediction and an experimental assay. We analyzed 1457 genes extracted from cDNA microarray of HCC patients by text-mining, sequence similarity search and domain analysis. As a result, we predicted that 16 genes were likely to be involved in angiogenesis and then the effects of these genes were confirmed by hypoxia response element(HRE)-luciferase assay. For instant, we classified osteopontin into a potent angiogenic factor and coagulation factor XII into a significant anti­angiogenic factor. Collectively, we suggest that using a combination of in silico prediction and experimental approaches, we can identify HCC-specific angiogenesis­related factors effectively and rapidly.
#HCC #hepatocellular carcinoma #bioinformatics #angiogenesis #hmmer #blast

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