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자료유형
학술저널
저자정보
Kim, Kyee-Zu (Graduate School of Public Health, Seoul National University) Min, Jin-Young (Institute of Health & Environment, Seoul National University) Kwon, Geun-Yong (Division of Epidemic Intelligence Service, Korea Centers for Disease Control and Prevention) Sung, Joo-Hon (Graduate School of Public Health, Seoul National University) Cho, Sung-Il (Graduate School of Public Health, Seoul National University)
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제9권 제4호
발행연도
2011.1
수록면
143 - 151 (9page)

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In this study, we propose a novel, intuitive method of constructing an expression quantitative trait (eQT) network that is related to the metabolic syndrome using LOD scores and peak loci for selected eQTs, based on the concept of gene-gene interactions. We selected 49 eQTs that were related to insulin resistance. A variance component linkage analysis was performed to explore the expression loci of each of the eQTs. The linkage peak loci were investigated, and the "support zone" was defined within boundaries of an LOD score of 0.5 from the peak. If one gene was located within the "support zone" of the peak loci for the eQT of another gene, the relationship was considered as a potential "directed causal pathway" from the former to the latter gene. SNP markers under the linkage peaks or within the support zone were searched for in the database to identify the genes at the loci. Two groups of gene networks were formed separately around the genes IRS2 and UGCGL2. The findings indicated evidence of networks between genes that were related to the metabolic syndrome. The use of linkage analysis enabled the construction of directed causal networks. This methodology showed that characterizing and locating eQTs can provide an effective means of constructing a genetic network.
#genetic network #expression quantitative trait #linkage analysis #metabolic syndrome

목차

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Arnold, S.M / 2003 / The noncatalytic portion of human UDP-glucose, glycoprotein glucosyltransferase 1 confers UDP-glucose binding and transferase function to the catalytic domain / J. Biol. Chem 278:43320~43328 google schola Avery, C.L / 2004 / Linkage analysis of diabetes status among hypertensive families, the Hypertension Genetic Epidemiology Network study / Diabetes 53:3307~3312 google schola Bonnet, F. / 2008 / Influence of the ACE gene insertion/deletion polymorphism on insulin sensitivity and impaired glucose tolerance in healthy subjects / Diabetes Care 31:789~794 google schola Bouzakri, K / 2006 / siRNAbased gene silencing reveals specialized roles of IRS-1/ Akt2 and IRS-2/Akt1 in glucose and lipid metabolism in human skeletal muscle / Cell Metab 4:89~96 google schola Cheung, V.G / 2007 / Data for Genetic Analysis Workshop (GAW) 15, Problem 1, genetics of gene expression variation in humans / BMC Proc 1(1):2 google schola

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