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Cupriavidus sp. SW-Y-13 균주는 2019년 한국의 강물에서 분리된 호기성 그람 음성 막대 모양의 세균이다. PacBio RS II 플랫폼을 사용하여 초안 유전체를 얻었으며, 5개의 원형 염색체로 구성되어있다. SW-Y-13 균주의 유전체 크기는 총 7,307,793 bp, G + C 함량은 63.1%이다. 16S rRNA 유사도에 따르면 SW-Y-13 균주는 Cupriavidus metallidurans (98.4%)와 가장 밀접한 관련이 있다. 유전체 분석을 통해 총 6,613개의 유전자와 6,539개의 CDS, 12개 rRNA, 61개 tRNA, 4개 ncRNA를 포함하였다. CO<SUP>2+</SUP>에 대한 내성은 주로 czcCBA 오페론, czcD 유전자 및 czcN 유전자를 포함하는 SW-Y-13 게놈에 의해 인코딩된 유출 시스템에 의해 매개된다. 이 연구는 SW-Y-13 균주의 중금속 저항 메커니즘에 대한 유용한 정보를 제공할 수 있다.
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Ayangbenro AS and Babalola OO. 2017. A new strategy for heavy metal polluted environments: A review of microbial biosorbents. Int. J. Environ. Res. Public Health 14, 94.
Aziz RK, Bartels D , Best AA, DeJongh M, Disz T , Edwards RA, Formsma K, Gerdes S, Glass EM, Kubal M, et al. 2008. The RAST server: rapid annotations using subsystems technology. BMC Genomics 9, 75.
Chin CS, Alexander DH, Marks P, Klammer AA, Drake J, Heiner C, Clum A, Copeland A, Huddleston J, Eichler EE, et al. 2013. Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from longread SMRT sequencing data. Nat. Methods 10, 563?569.
Goris J, De Vos P, Coenye T, Hoste B, Janssens D, Brim H, Diels L, Mergeay M, Kersters K, and Vandamme P. 2001. Classification of metal-resistant bacteria from industrial biotopes as Ralstonia campinensis sp. nov., Ralstonia metallidurans sp. nov. and Ralstonia basilensis Steinle et al. 1998 emend. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51, 1773?1782.
Janssen PJ, Van Houdt R, Moors H, Monsieurs P, Morin N, Michaux A, Benotmane MA, Leys N, Vallaeys T, Lapidus A, et al. 2010. The complete genome sequence of Cupriavidus metallidurans strain CH34, a master survivalist in harsh and anthropogenic environments. PLoS ONE 5, e10433.
Aziz RK, Bartels D , Best AA, DeJongh M, Disz T , Edwards RA, Formsma K, Gerdes S, Glass EM, Kubal M, et al. 2008. The RAST server: rapid annotations using subsystems technology. BMC Genomics 9, 75.
Chin CS, Alexander DH, Marks P, Klammer AA, Drake J, Heiner C, Clum A, Copeland A, Huddleston J, Eichler EE, et al. 2013. Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from longread SMRT sequencing data. Nat. Methods 10, 563?569.
Goris J, De Vos P, Coenye T, Hoste B, Janssens D, Brim H, Diels L, Mergeay M, Kersters K, and Vandamme P. 2001. Classification of metal-resistant bacteria from industrial biotopes as Ralstonia campinensis sp. nov., Ralstonia metallidurans sp. nov. and Ralstonia basilensis Steinle et al. 1998 emend. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51, 1773?1782.
Janssen PJ, Van Houdt R, Moors H, Monsieurs P, Morin N, Michaux A, Benotmane MA, Leys N, Vallaeys T, Lapidus A, et al. 2010. The complete genome sequence of Cupriavidus metallidurans strain CH34, a master survivalist in harsh and anthropogenic environments. PLoS ONE 5, e10433.
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