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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 저널정보
- Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 제27권 제7호
- 발행연도
- 2021.7
- 수록면
- 331 - 337 (7page)
- DOI
- 10.5626/KTCP.2021.27.7.331
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차세대 시퀀싱 기술의 발달로 다양한 종의 방대한 유전체 시퀀싱 데이터를 생산할 수 있게 되었다. 그러나 포유류 Y 염색체에 대해서는 다른 염색체에 비해 고품질의 어셈블리 생산이 느리게 이루어지고 있다. 본 논문은 Y 염색체 어셈블리 품질 향상에 초점을 맞춰, 전장 유전체 시퀀싱 데이터를 참조 유전체에 매핑한 후 Y 염색체에 매핑된 리드(Y-리드) 만을 활용하여 Y 염색체 어셈블리를 수행하는 방법을 고안하였다. 해당 방법론을 특정 돼지 품종과 물영양의 전장 유전체 시퀀싱 데이터에 적용하였으며 Y-리드로 어셈블리를 수행한 경우 사용하지 않았을 때보다 스캐폴드의 총 길이와 참조 유전체 Y 염색체 어셈블리에 정렬된 스캐폴드 총 길이가 두 종 모두에서 증가하였다. 또한, 돼지 품종에서는 동일 종 참조 유전체 데이터를 활용하여 어셈블리 정확성 또한 향상되었음을 확인하였다. 따라서 본 연구에서 고안한 방법은 다양한 포유류의 고품질 Y 염색체 어셈블리 생성에 기여할 수 있을 것이다.
목차
요약
Abstract
1. 서론
2. 참조 유전체를 활용한 Y 염색체 어셈블리
3. 어셈블리 품질 비교
4. 결론 및 향후 연구
References
참고문헌 (20)
참고문헌 신청
S. Goodwin, J. D. McPherson, and W. R. McCombie, "Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies," Nature Reviews Genetics, Vol. 17, No. 6, pp. 333, 2016.
EARL, Dent, et al., "Assemblathon 1: a competitive assessment of de novo short read assembly methods," Genome Research, Vol. 21, No. 12, pp. 2224-2241, 2011.
BRADNAM, KeithR., et al., "Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species," GigaScience, Vol. 2, No. 1, pp. 2047-217X, 2013.
J.-i. Sohn and J.-W. Nam, "The present and future of de novo whole-genome assembly," Briefings in Bioinformatics, Vol. 19, No. 1, pp. 23-40, 2018.
O. Dudchenko et al., "De novo assembly of the Aedes aegypti genome using Hi-C yields chromosomelength scaffolds," Science, Vol. 356, Vol. 6333, pp. 92-95, 2017.
EARL, Dent, et al., "Assemblathon 1: a competitive assessment of de novo short read assembly methods," Genome Research, Vol. 21, No. 12, pp. 2224-2241, 2011.
BRADNAM, KeithR., et al., "Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species," GigaScience, Vol. 2, No. 1, pp. 2047-217X, 2013.
J.-i. Sohn and J.-W. Nam, "The present and future of de novo whole-genome assembly," Briefings in Bioinformatics, Vol. 19, No. 1, pp. 23-40, 2018.
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