The Structural Studies of Biomimetic Peptides P99 Derived from Apo B-100 by NMR

Gil-Hoon Kim; 원호식

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자료유형: 학술저널

저자정보: Gil-Hoon Kim (한양대학교) 원호식 (한양대학교)

저널정보: 한국자기공명학회 Journal of the Korean Magnetic Resonance Society Journal of the Korean Magnetic Resonance Society 제24권 제4호

발행연도: 2020.1

수록면: 136 - 142 (7page)

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Apolipoprotein B-100 (apo B-100), the main protein component that makes up LDL (Low density lipoprotein), consists of 4,536 amino acids and serves to combine with the LDL receptor. The oxidized LDL peptides by malondialdehyde (MDA) or acetylation in vivo were act as immunoglobulin (Ig) antigens and peptide groups were classified into 7 peptide groups with subsequent 20 amino acids (P1-P302). The biomimetic peptide P99 (KGTYG LSCQR DPNTG RLNGE) out of B-group peptides carrying the highest value of IgM antigens were selected for structural studies that may provide antigen specificity. Circular Dichroism (CD) spectra were measured for peptide secondary structure in the range of 190-260 nm. Experimental results show that P99 has pseudo α-helice and random coil structure. Homonuclear (COSY, TOCSY, NOESY) 2D-NMR experiments were carried out for NMR signal assignments and structure determination for P99. On the basis of these completely assigned NMR spectra and proton distance information, distance geometry (DG) and molecular dynamic (MD) were carried out to determine the structures of P99. The proposed structure was selected by comparisons between experimental NOE spectra and back-calculated 2D NOE results from determined structure showing acceptable agreement. The total Root-Mean-Square- Deviation (RMSD) value of P99 obtained upon superposition of all atoms were in the set range. The solution state P99 has mixed structure of pseudo α-helix and β-turn(Gln[9] to Thr[13]). These NMR results are well consistent with secondary structure from experimental results of circular dichroism. Structural studies based on NMR may contribute to the prevent oxidation studies of atherosclerosis and observed conformational characteristics of apo B-100 in LDL using monoclonal antibodies.

#Apolipoprotein B-100 #Immunoglobulin #Molecular dynamic computation #NMR

참고문헌 (19)

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R. W. Mahley / 1984 / J. Lipid Res 25:1277

R. A. Davis / 1991 / Biochem. Lipid

B. H. Browman / 1993 / Hepatic Plasma Proteins Mechanisms of Function and Regulations / Academic Press, Inc

V. N. Schumaker / 1994 / Adv. Protein 45:205

S. H. Chen / 1986 / Biol. Chem 261:12918

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