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박장호 (단국대학교(천안캠퍼스)) 신원석 (단국대학교) 문세영 (단국대학교) 오만환 (단국대학교) 임다정 (국립축산과학원 동물유전체과) 오동엽 (경상북도 축산기술연구소) 박영준 (울산과학기술원 게놈산업기술센터) 박종화 (울산과학기술원) 박용수 (국립한국농수산대학) 한규동 (단국대학교)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.41 No.2
발행연도
2019.1
수록면
233 - 240 (8page)

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Background The total length of the cattle genome is approximately ~ 3 billion base pairs. About half of the bovine genome (46.5%) is composed of transposable elements (TEs). The TEs could be a major source of genomic structural variations (SVs) between cattle breeds. These SVs have led to genomic fluidity and rearrangements between interspecies. Objective TE-mediated insertion and deletion events could have a strong influence on the bovine genome. This study aimed to investigate TE-mediated deletion events that are common to 12 Hanwoo genome resequencing data. Results We compared 12 Hanwoo genome resequencing data with the cattle reference genome (Bos taurus_UMD_3.1.1) and six other open source data (2 Jersey, 2 Holstein, 2 Angus). By using BreakDancer program, the common SVs to the 12 Hanwoo genomes were detected. A total of 299 Hanwoo-specific SV candidates were detected. Among them, 56 Hanwoospecific TE-mediated deletion candidate loci were validated by PCR and Sanger sequencing. Finally, we identified one locus, DEL_96, which is an authentic Hanwoo-specific deletion. The DEL_96 event occurred by nonallelic homologous end-joining between LINE (BovB) and unique sequence with 1 bp microhomology. The 370 bp deletion event appeared to be only in the Hanwoo individuals after the divergence of Hanwoo and Holstein lineages. Conclusion Our study showed that one of the SVs, TE-mediated deletion, could be utilized as a molecular maker to distinguish between Hanwoo and Holstein.

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