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저자정보
황지윤 (국립수산과학원) Kesavan Markkandan (Theragen Etex Inc.) 한규동 (단국대학교) 권문경 (국립수산과학원) 서정수 (국립수산과학원) 유승일 ((주)테라젠) 황성돈 (국립수산과학원) 지보영 (국립수산과학원) 손맹현 (국립수산과학원) 박준형 ((주)테라젠)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.40 No.3
발행연도
2018.1
수록면
315 - 320 (6page)

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Olive flounder (Paralichthys olivaceus) is one of the most economically important aquaculture fish. However, its production is often affected by various diseases, especially viral hemorrhagic septicemia virus (VHSV) that cause serious economic losses. In this study, we sequenced the whole transcriptome of the P. olivaceus using Illumina RNA-sEq. De novo assembly of control and virus-infected cDNA libraries of head kidney at 13 and 20 °C was accomplished with 2,007,532,438 raw reads, resulting in 244,578 unigenes with an average length of 533 bp and found 65,535 candidate coding unigenes with homology to other species by BLAST analysis. DEG analysis among control and virus-infected head kidney samples of 13 and 20 °C revealed that 1290 up-regulated and 162 down-regulated genes (p ≤ 0.01), linked to metabolism, virulence factors, adhesion and immune-response. We constructed an expressed gene catalog for the P. olivaceus to serve as a resource for marine environmental genomic and immuno-genetic/genomic studies focused on uncovering the molecular mechanisms underlying the responses of P. olivaceus to VHSV under different temperature.

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참고문헌 (29)

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Avunje S / 2013 / Impaired TLR2 and TLR7 response in olive flounder infected with viral haemorrhagic septicaemia virus at host susceptible $15\;^{\circ}C$ but high at non-susceptible $20\;^{\circ}C$ / Fish Shellfish Immun 34:1236~1243 Crossref Bolger AM / 2014 / Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data / Bioinformatics 30(15):2114~2120 Crossref Calder P / 2002 / Polyunsaturated fatty acids, inflammation and immunity / Eur J Clin Nutr 56:S14 Crossref Chen J / 2012 / Transcriptome analysis of head kidney in grass carp and discovery of immune-related genes / BMC Vet Res 8:108 Crossref Cho MY / 2012 / Genetically similar VHSV isolates are differentially virulent in olive flounder Paralichthys olivaceus / Dis Aquat Organ 101:105~114 Crossref

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