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학술저널
저자정보
김윤중 (연세대학교) 김기용 (경기대학교) 이헌우 (한림대학교) 전준범 (한림대학교) 이진우 (한림대학교) 윤지희 (한림대학교)
저널정보
연세대학교 의과대학 Yonsei Medical Journal Yonsei Medical Journal 제63권 제8호
발행연도
2022.8
수록면
724 - 734 (11page)
DOI
10.3349/ymj.2022.63.8.724

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Purpose: Hereditary parkinsonism genes consist of causative genes of familial Parkinson’s disease (PD) with a locus symbol prefix(PARK genes) and hereditary atypical parkinsonian disorders that present atypical features and limited responsiveness to levodopa(non-PARK genes). Although studies have shown that hereditary parkinsonism genes are related to idiopathic PD at the phenotyp ic, gene expression, and genomic levels, no study has systematically investigated connectivity among the proteins encoded bythese genes at the protein-protein interaction (PPI) level. Materials and Methods: Topological measurements and physical interaction enrichment were performed to assess PPI networksconstructed using some or all the proteins encoded by hereditary parkinsonism genes (n=96), which were curated using the On line Mendelian Inheritance in Man database and literature. Results: Non-PARK and PARK genes were involved in common functional modules related to autophagy, mitochondrial or lyso somal organization, catecholamine metabolic process, chemical synapse transmission, response to oxidative stress, neuronalapoptosis, regulation of cellular protein catabolic process, and vesicle-mediated transport in synapse. The hereditary parkinson ism proteins formed a single large network comprising 51 nodes, 83 edges, and three PPI pairs. The probability of degree distribu tion followed a power-law scaling behavior, with a degree exponent of 1.24 and a correlation coefficient of 0.92. LRRK2 was iden tified as a hub gene with the highest degree of betweenness centrality; its physical interaction enrichment score was 1.28, whichwas highly significant. Conclusion: Both PARK and non-PARK genes show high connectivity at the PPI and biological functional levels.
#Parkinson's disease #hereditary parkinsonian disorder #causative gene #protein-protein interaction #LRRK2

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