목차

국문요약 1
Ⅰ.서론 3
Ⅱ.재료 및 방법 5
1.토판염전 토양시료 채취 5
2.토판염전 토양 내 세균 밀도 측정 6
(1)전세균수 측정 6
(2)CFDA 형광염색법에 의한 생균수 측정 6
(3)평판법에 의한 생균수 측정 7
3.호염성 세균 분리 7
(1)매뉴얼법을 이용한 호염성 세균 분리 7
(2)다양한 배양방법을 이용한 호염성 세균 분리 7
4.토판염전 토양 내 세균군집의 계통 해석 9
(1)토양 DNA 추출 9
1)Rapid법을 이용한 토양 DNA 추출 9
2)변형된 매뉴얼법(Skim milk, CaCO3)을 이용한 토양 DNA 추출 11
3)ISOIL Kit를 이용한 토양 DNA 추출 12
4)ZYMO Kit를 이용한 토양 DNA 추출 13
5)Jiang법에 의한 토양 DNA 추출 14
(2)16S rRNA 유전자 PCR 증폭 및 pyrosequencing 15
(3)16S rRNA 유전자 pyrosequencing 및 세균 군집 구조 해석 16
5.다상분류법에 의거한 호염성 세균의 분류 동정 17
(1)해부현미경을 이용한 콜로니 형태학적 특성 17
(2)주사현미경(TEM)을 이용한 세포 형태학적 특성 17
(3)생리·생화학적 특성 17
(4)16S rRNA 유전자 PCR 증폭 및 정제 18
(5)16S rRNA 유전자 염기서열 해석 및 계통수 작성 18
(6)균체 지방산 분석 (MIDI) 19
(7)Polar lipid 분석 19
(8)Quinone 종 분석 20
(9)G+C 함량 분석 20
(10)DNA-DNA 상동성 분석 21
Ⅲ.결과 및 고찰 22
제 1장 토판염전 내 토양세균 군집구조해석 22
1.토판염전 결정지 내 세균군집 밀도 23
2.토판염전 결정지 내 토양세균 군집의 계통 해석 25
(1)토양시료로부터 DNA 추출 및 16S rRNA 유전자 PCR 증폭 25
(2)NGS 기법을 이용한 토판염전 토양 내 세균군집의 계통해석 28
(3)토판염전 토양 내 세균군집의 계통학적 특성 30
1)토판염전 토양 내 Proteobacteria 계통군의 특성 31
2)토판염전 토양 내 Chloroflexi 계통군의 특성 34
3)토판염전 토양 내 Bacteroidetes 계통군의 특성 35
4)토판염전 토양 내 Firmicutes 계통군의 특성 36
(4)토판염전 토양 내 고세균 군집의 계통학적 특성 37
제 2장 다양한 배양방법을 이용한 호염성 세균 분리 및 계통해석 41
1.매뉴얼법에 의한 호염성 세균의 분리 및 계통해석 42
(1)호염성 세균의 분리 42
(2)매뉴얼법에 의해 분리된 호염성 세균의 콜로니 형태분류 43
(3)매뉴얼법에 의해 분리된 호염성 세균의 계통 해석 44
2.다양한 배양법에 의한 고도 호염성 세균 다양성 확보 48
(1)다양한 배양법을 이용한 고도 호염성 세균의 분리 48
1)도말 평판법을 이용한 고도 호염성 세균 분리 49
2)농화 배양법을 이용한 고도 호염성 세균 분리 49
(2)다양한 방법에 의해 분리된 고도 호염성 세균의 콜로니 형태 분류 51
1)도말 평판법에 의해 분리된 고도 호염성 세균의 콜로니 형태 분류 51
2)농화 배양법에 의해 분리된 고도 호염성 세균의 콜로니 형태 분류 53
(3)다양한 방법에 의해 분리된 고도 호염성 세균의 계통 해석 55
1)도말 평판법에 의해 분리된 고도 호염성 세균의 계통 해석 55
2)농화 배양법에 의해 분리된 고도 호염성 세균의 계통 해석 58
제 3장 다상분류법에 의거한 신종 호염균의 분류 및 동정 65
1.Aliifodinibius nanosediminis sp. nov. KHM44T 균주의 동정 66
(1)형태적 특성 66
1)콜로니 형태학적 특성 66
2)주사형 전자 현미경을 이용한 세포형태 관찰 67
(2)16S rRNA 유전자 염기서열의 계통학적 위치 68
(3)생리·생화학적 특성 69
(4)화학적 특성 71
1)균체지방산 분석(Cellular fatty acid) 71
2)Quinone 종 분석 72
3)Polar lipid 분석 73
4)G+C 함량 분석 74
(5)DNA-DNA hybridization 75
(6)Description of Aliifodinibius nanosediminis sp. nov. 76
2.Aliifodinibius alkalisediminis sp. nov. ECH52T 균주의 동정 77
(1)해부 현미경을 이용한 콜로니형태 관찰 77
(2)16S rRNA 유전자 염기서열의 계통학적 위치 78
(3)생리·생화학적 특성 79
(4)화학적 특성 81
1)균체지방산 분석(Cellular fatty acid) 81
2)Quinone 종 분석 82
3)Polar lipid 분석 83
4)G+C 함량 분석 84
(5)DNA-DNA hybridization 85
(6)Description of Aliifodinibius akalisediminis sp. nov. 86
3.Aliifodinibius halosediminis sp. nov. KHM46T 균주의 동정 87
(1)해부 현미경을 이용한 콜로니형태 관찰 87
(2)16S rRNA 유전자 염기서열의 계통학적 위치 88
(3)생리·생화학적 특성 89
(4)화학적 특성 91
1)균체지방산 분석(Cellular fatty acid) 91
2)Quinone 종 분석 92
3)Polar lipid 분석 93
4)G+C 함량 분석 94
(5)DNA-DNA hybridization 95
(6)Description of Aliifodinibius halosediminis sp. nov. 96
4.Roseivivax sp. nov. HJS6T 균주의 동정 97
(1)16S rRNA 유전자 염기서열의 계통학적 위치 97
(2)생리·생화학적 특성 98
(3)화학적 특성 100
1)균체지방산 분석(Cellular fatty acid) 100
2)Quinone 종 분석 101
3)Polar lipid 분석 102
(4)DNA-DNA hybridization 103
(5)Description of Roseivivax sp. nov. HJS6T 104
Ⅳ.종합 결론 105
Ⅴ.참고문헌 107
Ⅵ.Abstract 118