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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 저널정보
- Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 제29권 제7·8호
- 발행연도
- 2002.8
- 수록면
- 456 - 462 (7page)
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단백질 시퀀스처럼 가중치를 가지는 스트링에 대한 탐색 알고리즘을 개발한다. ∑를 알파벳이라 하고 모든 a∈Σ 에 대해서 무게 μ(a) 가 주어진다고 하자. 스트링 A = a₁a₂…a_n 에서 (단, 모든 a_i ∈ Σ ), 서브스트링 A (i, j) = a_i a_(i+1)…a_j 로 정의하면, 이것의 무게는 μ(A(i, j))=μ(a_i) + μ(a_(i+1)) + … +μ(a_j)가 된다. 다루고자 하는 문제는 스트링 A 를 사전 처리하여 탐색 자료구조를 만드는데, 이 자료구조는 나중에 질문 무게 M 이 주어진 경우, M = μ(A(i, j))인 서브스트링 A(i, j) 가 있는가 라는 질문에 응답하는데 사용된다. 본 논문에서 는 기존의 결과를 향상시키는 알고리즘을 제시한다. 기존의 알고리즘의 경우 O(n) 만큼의 메모리를 사용하는 탐색 자료구조를 이용하여 O(n log log n / log n) 시간에 질문응답을 하였으나, 본 논문의 알고리즘은 질문 응답 시간은 그대로 유지하면서 메모리만 O(n / log n)으로 줄인다.
목차
요약
Abstract
1. 생물정보학적인 동기
2. 문제 정의
3. CLUSTER를 향상시킨 CLUSTER2 알고리즘
4. CLUSTER2와 LOOKUP을 결합한 CLUSTER3 알고리즘
5. 결론 및 향후 과제
참고문헌
참고문헌 (0)
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