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논문 기본 정보

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학술저널
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저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 제34권 제7ㆍ8호
발행연도
2007.8
수록면
319 - 326 (8page)

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이 논문의 연구 히스토리 (2)

2007

DNA 스트링에 대하여 써픽스 배열을 구축하는 빠른 알고리즘
조준하 ,  김남희 ,  권기룡 외 1명 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 2007.08 학술저널

2004

DNA 스트링에 효율적인 써픽스 배열 구축 알고리즘
조준하 ,  박희진 ,  김동규 한국정보과학회 학술발표논문집 2004.04 학술대회자료

초록· 키워드

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DNA 스트링과 같은 대용량의 데이타에 대한 빠른 검색을 수행하기 위해서는 전체 텍스트 인덱스 자료구조를 구축하여 검색하는 방법이 효율적이다. 가장 일반적인 인덱스 자료구조는 써픽스 트리와 써픽스 배열이다. 써픽스 배열은 써픽스 트리보다 적은 공간을 사용하기 때문에 DNA 스트링과 같은 대용량의 데이타에 적합한 자료구조이다. 기존의 써픽스 배열 구축 알고리즘들은 정수 문자집합에 적합한 알고리즘들이어서 DNA 스트링에 적합하지 않았다. 본 논문에서는 DNA 스트링의 문자집합이 4로 고정되어 있는 사실을 이용하여 DNA 스트링에 대한 써픽스 배열을 빠르게 구축하는 방법을 제안한다. 고정길이 문자집합에 효율적인 Kim et. al.[1]의 알고리즘의 인코딩 과정과 합병 과정 개선으로 전체 구축 시간을 향상시켰다. 실험 결과 1.3배에서 1.6배 정도 구축 속도가 향상되었으며, 기존의 다른 써픽스 배열 구축 알고리즘들과 비교한 결과에서도 대부분 가장 빠르게 써픽스 배열을 구축하였다.
#전체 텍스트 인덱스 자료구조 #써픽스 배열 #써픽스 배열 구축 #DNA 스트링 #full-text index data structures #suffix arrays #DNA strings

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 기존의 써픽스 배열 구축 알고리즘
3. DNA 스트링에 대한 써픽스 배열의 구축 속도를 향상시키는 방법
4. 성능 분석 및 다른 알고리즘들과의 성능 비교
5. 결론
참고문헌

참고문헌 (12)

참고문헌 신청
1. [학술지(정기간행물)] - / 2004 / A fast algorithm for constructing suffix arrays for fixed-size alphabet 3059 : 301 ~ 314 google schola 2. [학술지(정기간행물)] - / 1997 / Algorithms on Strings, Trees, and Sequences google schola 3. [학술지(정기간행물)] - / 1995 / On-line construction of suffix trees 14 : 249 ~ 260 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - / 1997 / Optimal suffix tree construction with large alphabets : 137 ~ 143 google schola 5. [학술지(정기간행물)] - / 2000 / On the sorting-complexity of suffix tree construction 47 : 987 ~ 1011 google schola

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