RFLP와 DGGE에 따른 해면 Spirastrella abata 공생세균의 다양성 비교

정은지; 임춘수; 박진숙

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자료유형: 학술저널

저자정보: 정은지 (한남대학교) 임춘수 (한남대학교) 박진숙 (한남대학교)

저널정보: 한국미생물학회 미생물학회지 미생물학회지 46권 4호

발행연도: 2010.12

수록면: 366 - 374 (9page)

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해양 해면 Spirastrella abata에 대하여 배양에 근거한 PCRRFLP와 비배양에 근거한 16S rDNA-DGGE fingerprinting 방법을 적용하여 공생세균 군집구조를 조사하였다. Zobell 배지와 천일염 배지를 사용하여 총 164균주를 선별하였다. 이들 균주로 부터 증폭한 16S rDNA를 제한효소 HaeⅢ와 MspⅠ을 사용하여 절단한 후 각각의 다른 RFLP 패턴으로 구분하였다. RFLP패턴으로부터 유래한 16S rDNA의 염기서열 분석 결과, 알려진 염기서열들과 95% 이상의 유사도를 나타내었으며 Proteobacteria(Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria), Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes의 4개의 문이 나타났으며 우점 군집은 Alphaproteobacteria였다. 해면에서 분리한 total gDNA로 부터 증폭한 16S rDNA의 DGGE 분석 결과 5개의 DGGE band가 확인 되었고, 각각의 band의 염기서열 분석 결과 알려진 염기서열들과 96% 이상의 유사도를 나타내었으며 band로부터 밝혀진 모든 서열들은 배양되지 않은 세균 클론들과 높은 상동성을 나타내었다. DGGE에 의한 공생세균 군집은 Proteobacteria (Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria), Actinobacteria, Spirochetes, Chloroflexi로 4개의 문(phylum)으로 나타났다. Spirastrella abata의 공생세균 군집에 대한 RFLP와 DGGE 적용 결과, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria의 공통 세균 그룹이 발견되었으나 전체적인 공생세균 군집구조는 분석 방법에 따른 차이를 나타내었다.

#DGGE fingerprinting #RFLP #Spirastrella abata #sponge-associated bacteria

참고문헌 (29)

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1. [학술지(정기간행물)] - Alam, N. / 2001 / Additional bioactive Lyso-PAF congeners from the sponge Spirastrella abata / J. Nat. Prod 64 : 533 ~ 535

2. [학술지(정기간행물)] - Alam, N. / 2002 / Cytotoxic sphingosine 4-sulfates from the sponge Spirastrella abata / J. Nat. Prod 65 : 944 ~ 945

3. [학술지(정기간행물)] - 조현희 / 2009 / 16S rDNA-RFLP에 의한 Spirastrella abata와 Spirastrella panis 해면에 서식하는 배양가능한 공생세균 군집의 비교 / 미생물학회지 45 (2) : 155 ~ 162

4. [학술지(정기간행물)] - 조현희 / 2010 / 해면 Spirastrella abata와 Cinachyrella sp.의 공생 세균의 계통학적 다양성 / 미생물학회지 46 (2) : 177 ~ 182

5. [학술지(정기간행물)] - Enticknap, J.J. / 2006 / Characterization of a culturable alphaproteobacterial symbiont common to many marine sponges and devidence for vertical transmission via sponge Larvae / Appl. Environ. Microbiol 72 : 3724 ~ 3732

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