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매우 빠른 속도로 발전하고 있는 차세대 염기서열 분석 플랫폼과 최신 생물정보학적 분석도구들로 말미암아, 1,000달러 이하의 가격으로 인간 유전체 염기서열을 해독하고자 하는 궁극적인 목표가 조만간 곧 실현될 수 있을것 같다. 차세대 염기서열 분석 분야의 급속한 기술적 진전은 NGS 데이터의 분석과 관리를 위한 통계적 방법과 생물정보학적 분석도구들에 대한 수요를 꾸준히 증대시키고 있다. NGS 플랫폼이 상용화되어 쓰이기 시작한 초창기부터, NGS 데이터를 분석하고 해석하거나, 가시화 해주는 다수의 응용프로그램이나 도구들이 개발되어 활용되어 왔다. 그러나, NGS 데이터의 엄청난 범람으로 데이터 저장, 데이터 분석 및 관리 등에 있어서 해결해야 할 많은 문제들이 부각되고 있다. NGS 데이터 분석은 단편서열과 참조서열간의 서열정렬, 염기식별, 다형성 발견, 쌍단편 서열이나 비쌍단편 서열 등을 이용한 어셈블리 작업, 구조변이 발견, 유전체 브라우징 등을 본질적으로 포함한다. 본 논문은 주요 차세대 염기서열 결정기술과 NGS 데이터 분석을 위한 생물정보학적 분석도구들에 대해 개관적으로 소개하고자 한다.
목차
Introduction
Next Generation Sequencing Technologies
Methods for Mapping/Alignment, Assembly and Polymorphism Detection
Conclusions
References
초록
참고문헌 (51)
참고문헌 신청
1. [학술지(정기간행물)] - Adessi, C. / 2000 / Solid phase DNA amplification : characterisation of primer attachment and amplification mechanisms / Nucleic Acids Res 28 : e87 ~
2. [학술지(정기간행물)] - Alkan, C. / 2011 / Genome structural variation discovery and genotyping / Nat. Rev. Genet 12 : 363 ~ 376
3. [학술지(정기간행물)] - Bao, H. / 2009 / MapView : visualization of short reads alignment on a desktop computer / Bioinformatics 12 : 1554 ~ 1555
4. [학술지(정기간행물)] - Campbell, P. J. / 2008 / Identification of somatically acquired rearrangements in cancer using genome-wide massively parallel paired-end sequencing / Nat. Genet 40 : 722 ~ 729
5. [학술지(정기간행물)] - Chiang, D. Y. / 2009 / High-resolution mapping of copy-number alterations with massively parallel sequencing / Nat. Methods 6 : 99 ~ 103
2. [학술지(정기간행물)] - Alkan, C. / 2011 / Genome structural variation discovery and genotyping / Nat. Rev. Genet 12 : 363 ~ 376
3. [학술지(정기간행물)] - Bao, H. / 2009 / MapView : visualization of short reads alignment on a desktop computer / Bioinformatics 12 : 1554 ~ 1555
4. [학술지(정기간행물)] - Campbell, P. J. / 2008 / Identification of somatically acquired rearrangements in cancer using genome-wide massively parallel paired-end sequencing / Nat. Genet 40 : 722 ~ 729
5. [학술지(정기간행물)] - Chiang, D. Y. / 2009 / High-resolution mapping of copy-number alterations with massively parallel sequencing / Nat. Methods 6 : 99 ~ 103
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