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저자정보
Ahyoun Kim (국립보건연구원) Wooyoung Choi (국립보건연구원) Yoonseok Chung (국립보건연구원) Kisoon Kim (국립보건연구원) Youngmee Jee (국립보건연구원) Haewol Cho (국립보건연구원) Jooshil Lee (국립보건연구원)
저널정보
대한바이러스학회 JOURNAL OF BACTERIOLOGY AND VIROLOGY Journal of Bacteriology and Virology 제37권 제3호
발행연도
2007.9
수록면
153 - 160 (8page)

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We attempted to detect and identify virus types quickly by improving an RT-PCR-based dot-blot hybridization test for echoviruses, important human pathogens mainly causing aseptic meningitis. This test was applied to reference viruses of seven echovirus serotypes prevalent in Korea (E6, 7, 9, 11, 13, 25, and 30) and seventy isolates of echovirus isolated in Korea between 2002 and 2004. The primers for target DNA and hybridization probes (25mer, 50mer, and 70mer) were designed within the VP1 region of the echovirus. In RT-PCR, a nonradioactive digoxigenin-DNA labeling mix was added instead of dNTP to initiate PCR. The PCR product was then hybridized against 25mer, 50mer, and 70mer probe DNA spotted on nylon membranes and the reaction was observed. To investigate the optimal conditions for hybridization, various concentrations of target DNA (0.1, 1, 10, and 100 ng/㎕), size of probe DNA (25mer, 50mer, and 70mer), concentrations of probe DNA (10~50 pM), and reaction time were included. In the test zone, the optimal condition in terms of time and cost was a reaction time of 1 h with 10 ng/㎕ target DNA concentration and 10 pM of a 50mer probe. We found 100% diagnosis of the serotypes for seven reference echoviruses and 90% (63/70) sensitivity for clinical isolates. Also, tests with this probe for reactivity with seven reference echoviruses by using DNA chips showed that diagnostic identification was possible without other serotype cross-reactivity. Therefore, efficiency analysis of probe and target DNA on clinical specimens by using dot-blot analysis indicated that this system can be applied to the prestages of the DNA chip and that the dot blot analysis itself can be used in applications to develop a tool for diagnosing specific viral serotypes.
#Echovirus #DNA probe #RT-PCR #Dot-blot hybridization

목차

INTRODUCTION
MATERIALS AND METHODS
RESULTS
DISCUSSION
REFERENCES

참고문헌 (17)

참고문헌 신청
Arola A , 1996 , Identification of enteroviruses in clinical specimens by competitive PCR followed by genetic typing using sequence analysis 34 : 313 ~ 318 google schola Bottner A , 2002 , A season of aseptic meningitis in Germany: epidemiologic, clinical and diagnostic aspects 21 : 112632 ~ google schola Caro V , 2001 , Molecular strategy for ′serotyping′ of human enteroviruses 82 : 79 ~ 91 google schola Chomel JJ , 2003 , Three ECHOvirus serotypes responsible for outbreak of aseptic meningitis in Rhone-Alpes region, France 22 : 191 ~ 193 google schola Jee YM , 2004 , Updates on enterovirus surveillance in Korea: 1999-2003 36 : 294 ~ 303 google schola

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