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본 연구에서는 차세대 염기서열분석(pyrosequencing) 기술을 이용해 조릿대(Sasa borealis) 대나무림의 낙엽층과 근권토양 내 주요 군집인 방선균군집의 계통학적 특성을 분석하여 방선균 유전자원 다양성 확보를 위한 기반 연구를 수행하고자 하였다. 낙엽층 시료 내 세균군집은 2,588 OTUs, 다양성 지수 7.55로 나타났으며, 근권토양 시료의 경우 2,868 OTUs, 다양성 지수 8.15로 다양한 세균군집이 균등하게 분포하고 있는 것으로 확인되었다. 대나무림 토양시료 내 세균군집은 총 35개의 문으로 구성되었으며, Proteobacteria (51–60%), Bacteroidetes (16–20%), Acidobacteria (4–16%) 그리고 Actinobacteria (4–14%) 계통군이 주요 세균군집으로 확인되었다. 특히, Actinobacteria은 총 6목 35과 121속의 다양한 방선균이 분포하였으며, 전체 방선균군집의 83%가 Actinomycetales 목으로 확인되었다. 이들 Actinomycetales 목은 28개 과로 구성되었으며, Micromonosporaceae, Pseudonocardiaceae 그리고 Streptomycetaceae는 조릿대 대나무림의 낙엽층과 근권토양에서 풍부도가 가장 높고 변이가 적은 대표 방선균군집으로 확인되었다.
목차
ABSTRACT
재료 및 방법
결과 및 고찰
적요
References
참고문헌 (22)
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Bérdy, J. 2005. Bioactive microbial metabolites. J. Antibiot. (Tokyo). 58, 1–26.
Cole, J.R., Wang, Q., Cardenas, E., Fish, J., Chai, B., Farris, R.J., Kulam-Syed-Mohideen, A.S., McGarrell, D.M., Marsh, T., Garrity, G.M., et al. 2009. The Ribosomal Database Project: improved alignments and new tools for rRNA analysis. Nucleic Acids Res. 37, 141–145.
Cordovez, V., Carrion, V.J., Etalo, D.W., Mumm, R., Zhu, H., van Wezel, G.P., and Raaijmakers, J.M. 2015. Diversity and functions of volatile organic compounds produced by Streptomyces from a disease-suppressive soil. Front. Microbiol. 6, 1081.
Edgar, R.C., Haas, B.J., Clemente, J.C., Quince, C., and Knight, R. 2011. Uchime improves sensitivity and speed of chimera detection. Bioinformatics 27, 2194–2200.
Hayakawa, M. 2008. Studies on the isolation and distribution of rare actinomycetes in soil. Actinomycetol. 22, 12–19.
Cole, J.R., Wang, Q., Cardenas, E., Fish, J., Chai, B., Farris, R.J., Kulam-Syed-Mohideen, A.S., McGarrell, D.M., Marsh, T., Garrity, G.M., et al. 2009. The Ribosomal Database Project: improved alignments and new tools for rRNA analysis. Nucleic Acids Res. 37, 141–145.
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