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저자정보
Hongtao Wang (Yantai University) Fengjiao Xu (Yantai University) Xinqi Wang (Yantai University) Woo-Saeng Kwon (Kyung Hee University) Deok-Chun Yang (Kyung Hee University)
저널정보
고려인삼학회 Journal of Ginseng Research Journal of Ginseng Research Vol.43 No.3
발행연도
2019.6
수록면
482 - 487 (6page)

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Background: The mixed-cultivation of different Panax ginseng cultivars can cause adverse effects on stability of yield and quality. K-1 is a superior cultivar with good root shape and stronger disease resistance. DNA markers mined from functional genes are clearly desirable for K-1, as they may associate with major traits and can be used for marker-assisted selection to maintain the high quality of Korean ginseng.
Methods: Five genes encoding pathogenesis-related (PR) proteins of P. ginseng were amplified and compared for polymorphism mining. Primary, secondary, and tertiary structures of PR5 protein were analyzed by ExPASy-ProtParam, PSSpred, and I-TASSER methods, respectively. A coding single nucleotide polymorphism (SNP)ebased specific primer was designed for K-1 by introducing a destabilizing mismatch within the 3" end. Allele-specific polymerase chain reaction (PCR) and real-time allele-specific PCR assays were conducted for molecular discrimination of K-1 from other cultivars and landraces.
Results: A coding SNP leading to the modification of amino acid residue from aspartic acid to asparagine was exploited in PR5 gene of K-1 cultivar. Bioinformatics analysis showed that the modification of amino acid residue changed the secondary and tertiary structures of the PR5 protein. Primer KSR was designed for specific discrimination of K-1 from other ginseng cultivars and landraces. The developed real-time allele-specific PCR assay enabled easier automation and accurate genotyping of K-1 from a large number of ginseng samples.
Conclusion: The SNP marker and the developed real-time allele-specific PCR assay will be useful not only for marker-assisted selection of K-1 cultivar but also for quality control in breeding and seed programs of P. ginseng.
#Allele-specific polymerase chain reaction #K-1 cultivar #Panax ginseng #Pathogenesis-related protein #Single nucleotide polymorphism

목차

ABSTRACT
1. Introduction
2. Materials and methods
3. Results and discussion
References

참고문헌 (26)

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Cho J / 1995 / Understanding of Korean ginseng:Korean ginseng contains various effective components google schola Jia L / 2009 / Current evaluation of the millennium phytomedicineginseng(II) : Collected chemical entities, modern pharmacology, and clinical applications emanated from traditional Chinese medicine / Curr Med Chem 16:2924~2942 google schola Shin HR / 2000 / The cancer-preventive potential of Panax ginseng : a review of human and experimental evidence / Canc Causes Contr 11:565~576 google schola Kim SH / 2003 / Effects of Panax ginseng extract on lipid metabolism in humans / Pharmacol Res 48:511~513 google schola Cheng Y / 2005 / Anti-amnestic and anti-aging effects of ginsenoside Rg1 and Rb1 and its mechanism of action / Acta Pharmacol Sin 26:143~149 google schola

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