지방자치단체에 대해 이루어지는 감사는 국회의 국정감사 및 조사, 감사원 감사, 행정자치부 감사, 기타의 중앙행정기관에 의한 감사, 상급 지방자치단체 의회 또는 당해 지방자치단체 의회에 의한 행정사무감사 및 조사, 상급자치단체장에 의한 감사, 당해 지방자치단체의 집행기관에 의한 자체감사, 주민감사청구권에 따른 감사 등 그 종류가 매우 다양하다.
이러한 지방자치단체에 대한 제 감사제도는 헌법이 제도적으로 보장하고 있는 지방자치의 본질을 훼손하지 않는 범위 안에서 이루어져야 할 것이다. 특히 국가감독의 범주 안에서 이루어지는 지방자치단체에 대한 제 감사제도는 과거 지방자치제가 실시되지 않던 시대의 제도와 관행을 별로 수정하지 않고 오늘날에도 그대로 답습하고 있어서 자기책임성의 원칙, 전권한성의 원칙, 보충성의 원칙 등 지방자치제도의 본질적인 내용을 이루는 법원칙들에 저촉되고 있는 실정이다. 이것은 바로 지방분권적 사고가 아직 우리 국민과 관료사회에 정착되지 못한데 연유한다.
그러므로 현행의 지방자치단체에 대한 감사체계는 지방자치의 본질에 부합될 수 있도록 개혁될 필요가 있으며 특히 지방자치단체의 자치사무에 대해서는 지방자치단체가 스스로 책임질 수 있도록 국가감독 차원의 감사권의 행사는 법적으로 합법성 판단에 국한되고 관행적으로 자제되어야 할 것이다. 이러한 의미에서 헌법재판소가 행정안전부장관 등이 서울특별시를 상대로 자치사무에 대하여 실시한 합동감사가 지방자치권을 침해하는지에 대한 권한쟁의심판청구사건에서 동 감사가 「지방자치법」 등 관련규정상의 감사의 개시요건을 전혀 충족하지 못하여 「헌법」 및 「지방자치법」에 의하여 부여된 청구인의 지방자치권을 침해하였다는 결정한 것은 큰 의미가 있다고 할 것이다. 이를 계기로 하여 「감사원법」, 행정감사규정 등 지방자치단체에 대한 감사를 규율하고 있는 감사의 근거법령들은 회계감사와 직무감찰의 구분, 자치사무와 위임사무의 구분 등에 따라 전반적으로 재검토하여 자치사무에 대한 감사는 합법성판단에 국한되도록 제도적 개선을 하여야 할 것이다. 그리고 보다 근본적으로는 위임사무의 범위를 대폭 축소시키고 이를 자치사무로 전환함으로써 진정한 지방자치가 이루어질 수 있도록 하는, 지방자치 발전을 위한 본질적인 해결방안의 모색이 필요하다.
궁극적으로 지방자치단체에 대한 감사체계는 자치사무에 관한 한 지방의회의 감사기능을 강화하는 방향으로 지방의회의 행정사무의 감사 및 조사제도를 재정립하는 것이 바람직하며, 주민의 감사청구제도와 국회의 국정감사제도도 개선할 필요가 있다. 중복감사의 실효성있는 축소․금지와 회계감사 및 직무감찰의 제한적 운영 등 감사제도의 운영적인 측면에서의 개선도 추진되어야 한다. 또한 자체감사의 독립성과 전문성을 담보하기 위하여 제정된 「공공감사에 관한 법률」의 경우에도 지방자치단체에 대한 감사원이나 중앙부처의 감사보다 지방자치단체의 자체감사가 우선하는 자치감사우선원칙이 입법화되도록 하여야 할 것이다. 이와 같이 지방자치단체의 자치사무에 관하여는 국가감독적 차원의 감사기능을 축소해 나가는 방향으로 정비하면서 필요최소한의 감사기능을 효율적으로 수행할 수 있도록 하는 것이 합당할 것이다.
Inspection conducted against the local autonomous body includes a variety of kinds such as parliamentary inspection and investigation into state affairs, inspection of the Board of Audit and Inspection, inspection of the Ministry of Public Administration and Security, inspection of other central government agencies, administrative audit and inspection by high-level or competent local autonomous body council, inspection by the head of higher-level local autonomous body, self-inspection by the law enforcement agency of the competent local autonomous entity, audit under the Citizen’s Request for Audit, etc.
Such audit systems against local autonomous body have to be carried out within the range in such a manner of not defaming the nature of local autonomy that is ensured systematically by the Constitution. Especially for the audit systems against local autonomous body conducted within the category of national supervision, the systems and customs of inspection at the period when local autonomous system was not implemented still continue without remarkable modification. They are against legal principles that form intrinsic attributes of local autonomous system such as principle of self-responsibility, principle of universality, principle of supplement, etc. This phenomenon results from the reality that perspectives of local decentralization have not taken root in the nation and officialdom yet.
Therefore the current audit system against local autonomous body requires reform in compliance with the nature of local autonomy. Especially for autonomous administrative affairs of local autonomous body, the exercise of audit right in terms of national supervision must be restricted to only the judgment of legitimacy so that the competent local autonomous body may take its responsibility on its own. Under this circumstance, in the case of the Request on whether the joint audit implemented against the claimant, Seoul Metropolitan Government, on its autonomous administrative affairs from Sep.14 through 29, 2006 by the Minister of Public Administration and Security, etc. infringed the rights of local autonomy, the Constitutional Court made decision dated of May 28, 2009 accepting the petition reasoning that the said audit violated the rights of local autonomy of the claimant granted under the Constitution and the Law of Local Autonomy, failing to meet the requirement for startup of audit under the relevant regulations such as the Law of Local Autonomy, etc. The decision of the Constitution Court is of significant meaning with regard to the rights of local autonomy.
Taking this opportunity, we need to review again overall basic laws that regulate the audit against local autonomous body such as the Board of Audit and Inspection Act, Administrative Auditing Regulation, etc. under the classification of accounting audit and duty investigation, and of autonomous affairs and assigned affairs, etc. It is needed to make systematic improvements so that the audit of autonomous administrative affairs should be restricted to the judgment of legitimacy only. In addition, in more detail, the range of the assigned affairs should be drastically reduced and converted into autonomous affairs so that genuine local autonomy can be embodied, which could be intrinsic solution for the development of local autonomy.
Ultimately, it is desirable that the audit system against local autonomous body should be in the direction of reinforcing the auditing function of local council as far as autonomous affairs concerned, while the auditing function in terms of national supervision as far as the assigned affairs concerned should be reduced where minimum auditing function as necessary can be performed in an efficient manner. In addition, the efforts for systemizing overall auditing system such as prohibition of duplicate audit, omitting of audit, hierarchy of audit, representation of audit, etc. should be made so that the duplicate functioning of entire auditing system against local autonomous body may not cause excessive burden over the administrative affairs of local autonomous body.