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임신중반기 여성에서 개방성 신경관 결손증의 진단에 모체 혈청내 알파태아단백 (AFP)이 이용되었다.그러나 이 알파태아 단백은 신경관 결손증에서 뿐만 아니라, 임신주수의 과소추정의 경우나 선천성 신증, 태아 복벽 결손증, 태아 사망, 저체중아에도 높은 수치를 보인다. 그래서, 이 AFP 수치가 높으면 태아의 재태 연령을 재 계측하고 표적 (targetted) 초음파를 통해 신경관 결손증을 감별해야 한다.신경관 결손증이 의심되거나, 초음파가 비진단적이라면, 양수검사를 시행하여 양수내 AFP을 측정하고 아세틸 콜린에스터레이즈 (AchE)의 유무를 보게된다. 양수내 AchE로 신경관결손증 진단율은 96-99%에 이르며, 위 양성율은 양수의 혈액오염이 있을 때와 없을 때가 각각 0.14%, 0.06%로 보고되고 있다.

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