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저자정보
Jung Heon Kim (Seoul National University Medical Research Center) Jiyeon Kim (Seoul National University Medical Research Center) Bon-Sang Koo (Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology) Hanseul Oh (Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology) Jung-Joo Hong (Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology) Eung-Soo Hwang (Seoul National University Medical Research Center)
저널정보
대한미생물학회 JOURNAL OF BACTERIOLOGY AND VIROLOGY JOURNAL OF BACTERIOLOGY AND VIROLOGY Vol.49 No.3
발행연도
2019.9
수록면
115 - 123 (9page)

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Zika virus (ZIKV) is one of the pathogens which is transmitted world widely, but there are no effective drugs and vaccines. Whole genome sequencing (WGS) of viruses could be applied to viral pathogen characterization, diagnosis, molecular surveillance, and even finding novel pathogens. We established an improved method using direct RNA sequencing with Nanopore technology to obtain WGS of ZIKV, after adding poly (A) tails to viral RNA. This established method does not require specific primers, complimentary DNA (cDNA) synthesis, and polymerase chain reaction (PCR)-based enrichment, resulting in the reduction of biases as well as of the ability to find novel RNA viruses. Nanopore technology also allows to read long sequences. It makes WGS easier and faster with long-read assembly. In this study, we obtained WGS of two strains of ZIKV following the established protocol. The sequenced reads resulted in 99% and 100% genome coverage with 63.5X and 21,136X, for the ZIKV PRVABC59 and MR 766 strains, respectively. The sequence identities of the ZIKV PRVABC59 and MR 766 strains for each reference genomes were 98.76% and 99.72%, respectively. We also found that the maximum length of reads was 10,311 bp which is almost the whole genome size of ZIKV. These long-reads could make overall structure of whole genome easily, and WGS faster and easier. The protocol in this study could provide rapid and efficient WGS that could be applied to study the biology of RNA viruses including identification, characterization, and global surveillance.
#Whole genome sequencing (WGS) #Zika virus (ZIKV) #Direct RNA sequencing

목차

INTRODUCTION
MATERIALS AND METHODS
RESULTS
DISCUSSION
REFERENCES

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