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본 연구는 제주에서 사육되고 있는 제주흑돈(제주 제래돼지 합성돈)에서 생산형질인 등지방두께, 일당증체량, 90kg도달일령과 번식형질인 총산자수 및 생존산자수를 조사하고, 이에 대한 상가적효과와 모체환경효과를 통한 분산 성분 및 유전모수를 추정하여 유전적 개량에 필요한 기초 자료를 위해 분석을 진행하였다. 생산형질 내에서 등지방두께, 일당증체량 및 90kg도달일령에 대하여 추정된 유전력은 각각 0.364, 0.271 및 0.300으로 추정되었으며, 번식형질 내에서 총산자수와 생존산자수에 대하여 추정된 유전력은 각각 0.072, 및 0.076로 유전력을 갖는 것으로 추정되었다. 생산형질에서 모체의 유전 분산과 모체 공통 환경 분산은 각각 0.019-0.385과 0.034-0.357로 추정되었으며, 번식형질의 경우 모체공통 환경분산은 0.348-0.459로 추정되었다. 따라서, 제주흑돈에 대한 유전모수 추정 시 개체의 직접적인 유전효과 뿐만 아니라, 모체의 유전 또는 공통 환경효과를 고려해야 유전모수 등이 과대 추정 (over-estimate) 되는 현상을 방지 할 수 있으며, 개체들에 대한 정확한 유전 능력 평가가 이루어질 것으로 사료된다.

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