A Genome-Specific PCR Primer Design Program for Open Reading Frames

Keong, Kwoh-Chee; Lim, Kok-Wui

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자료유형: 학술대회자료

저자정보: Keong, Kwoh-Chee (School of Computer Engineering Nanyang Technological University) Lim, Kok-Wui (Genome Institute of Singapore)

저널정보: 한국생물정보시스템생물학회 한국생물정보시스템생물학회 학술대회 한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005

발행연도: 2005.1

수록면: 147 - 150 (4page)

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Proper PCR primer design determines the success or failure of Polymerase Chain Reaction (PCR) reactions. In this project, we develop GENE-PRIMER, a genomes specific PCR primer design program that is amenable to a genome-wide scale. To achieve this, we incorporated various parameters with biological significance into our program, namely, primer length, melting temperature of primers Tm, guanine/cytosine (GC) content of primer, homopolymeric runs in primer and self-hybridization tendency of primer. In addition, BLAST algorithm is utilized for the purpose of primer specificity check. In summary, selected primers adhered to both physico-chemical criteria and also display specificity to intended binding site in the genome.

#PCR #Primer #BLAST #Open Reading Frame #DNA

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이 논문의 저자 정보

Keong, Kwoh-Chee

소속기관 Nanyang Technological University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

논문수 5 이용수 39

Lim, Kok-Wui

소속기관 Genome Institute of Singapore

주요연구분야 자연과학 > 생물학

논문수 1 이용수 31

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