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자료유형
학술저널
저자정보
Sharma, Aditi (Animal Genomics & Bioinformatics Division, National Institute of Animal Science, Rural Development Administration) Park, Jong-Eun (Animal Genomics & Bioinformatics Division, National Institute of Animal Science, Rural Development Administration) Park, Byungho (Animal Genomics & Bioinformatics Division, National Institute of Animal Science, Rural Development Administration) Park, Mi-Na (Animal Genomics & Bioinformatics Division, National Institute of Animal Science, Rural Development Administration) Roh, Seung-Hee (Hanwoo Genetic Improvement Center of the Nonghyup Agribusiness Group Inc.) Jung, Woo-Young (Hanwoo Genetic Improvement Center of the Nonghyup Agribusiness Group Inc.) Lee, Seung-Hwan (Division of Animal and Dairy Science, Chungnam National University) Chai, Han-Ha (Animal Genomics & Bioinformatics Division, National Institute of Animal Science, Rural Development Administration) Chang, Gul-Won (Animal Genomics & Bioinformatics Division, National Institute of Animal Science, Rural Development Administration) Cho, Yong-Min (Animal Genomics & Bioinformatics Division, National Institute of Animal Science, Ru) Lim, Dajeong
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제16권 제1호
발행연도
2018.1
수록면
10 - 13 (4page)

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Until now microsatellite (MS) have been a popular choice of markers for parentage verification. Recently many countries have moved or are in process of moving from MS markers to single nucleotide polymorphism (SNP) markers for parentage testing. FAO-ISAG has also come up with a panel of 200 SNPs to replace the use of MS markers in parentage verification. However, in many countries most of the animals were genotyped by MS markers till now and the sudden shift to SNP markers will render the data of those animals useless. As National Institute of Animal Science in South Korea plans to move from standard ISAG recommended MS markers to SNPs, it faces the dilemma of exclusion of old animals that were genotyped by MS markers. Thus to facilitate this shift from MS to SNPs, such that the existing animals with MS data could still be used for parentage verification, this study was performed. In the current study we performed imputation of MS markers from the SNPs in the 500-kb region of the MS marker on either side. This method will provide an easy option for the labs to combine the data from the old and the current set of animals. It will be a cost efficient replacement of genotyping with the additional markers. We used 1,480 Hanwoo animals with both the MS data and SNP data to impute in the validation animals. We also compared the imputation accuracy between BovineSNP50 and BovineHD BeadChip. In our study the genotype concordance of 40% and 43% was observed in the BovineSNP50 and BovineHD BeadChip respectively.
#cattle #genotype prediction #Hanwoo #parentage verification

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참고문헌 (12)

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McClure M / 2012 / Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parental verification / Front Genet 3:140 google schola McClure MC / 2013 / Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple Bos taurus and Bos indicus breeds / Front Genet 4:176 google schola Fernandez ME / 2013 / Comparison of the effectiveness of microsatellites and SNP panels for genetic identification, traceability and assessment of parentage in an inbred Angus herd / Genet Mol Biol 36:185~191 Crossref Marchini J / 2010 / Genotype imputation for genome-wide association studies / Nat Rev Genet 11:499~511 Crossref Carvalheiro R / 2014 / Accuracy of genotype imputation in Nelore cattle / Genet Sel Evol 46:69 Crossref

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