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Bindu Subhadra (충남대학교) 수리아 수렌드란 (충남대학교) 임보라 (충남대학교) 임종성 (충남대학교) 김동호 (충남대학교) 우경호 (충남대학교) 한규동 (단국대학교) 오만환 (단국대학교) 최철희 (충남대학교)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.41 No.9
발행연도
2019.1
수록면
1,063 - 1,075 (13page)

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Background Acinetobacter has emerged recently as one of the most challenging nosocomial pathogens because of its increased rate of antimicrobial resistance. The genetic complexity and genome diversity, as well as the lack of adequate knowledge on the pathogenic determinants of Acinetobacter strains often hinder with pathogenesis studies for the development of better therapeutics to tackle this nosocomial pathogen. Objectives In this study, we comparatively analyzed the whole genome sequence of a virulent Acinetobacternosocomialis strain NCTC 8102. Methods The genomic DNA of A. nosocomialis NCTC 8102 was isolated and sequenced using PacBio RS II platform. The sequenced genome was functionally annotated and gene prediction was carried out using the program, Glimmer 3. The phylogenetic analysis of the genome was performed using Mega 6 program and the comparative genome analysis was carried out by BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Results The complete genome analysis depicted that the genome consists of a circular chromosome with an average G + C content of 38.7%. The genome comprises 3700 protein-coding genes, 96 RNA genes (18 rRNA, 74 tRNA and 4 ncRNA genes), and 91 pseudogenes. In addition, 6 prophage regions comprising 2 intact, 1 incomplete and 3 questionable ones and 18 genomic islands were identified in the genome, suggesting the possible occurrence of horizontal gene transfer in this strain. Comparative genome analysis of A. nosocomialis NCTC 8102 genome with the already sequenced A. nosocomialis strain SSA3 showed an average nucleotide identity of 99.0%. In addition, the number of prophages and genomic islands were higher in the A. nosocomialis NCTC 8102 genome compared to that of the strain SSA3. 14 of the genomic islands were unique to A. nosocomialis NCTC 8102 compared to strain SSA3 and they harbored genes which are involved in virulence, multidrug resistance, biofilm formation and bacterial pathogenesis. Conclusion We sequenced the whole genome of A. nosocomialis strain NCTC 8102 followed by comparatively genome analysis. The study provides valuable information on the genetic features of A. nosocomialis strain and the data from this study would assist in further studies for the development of control measures for this nosocomial pathogen.
#Acinetobacter · Nosocomial pathogen · Genome annotation · Genome sequencing · Genomic islands · Pathogenic genes

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Adams MD / 2008 / Comparative genome sequence analysis of multidrugresistant Acinetobacter baumannii / J Bacteriol 190:8053~8064 google schola Alikhan NF / 2011 / BLAST ring image generator(BRIG) : simple prokaryote genome comparisons / BMC Genom 12:402 google schola Altschul SF / 1990 / Basic local alignment search tool / J Mol Biol 215:403~410 google schola Aziz RK / 2008 / The RAST server : rapid annotations using subsystems technology / BMC Genom 9:75 google schola Cosgaya C / 2016 / Acinetobacter dijkshoorniae sp. nov., a member of the Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii complex mainly recovered from clinical samples in different countries / Int J Syst Evol Microbiol 66:4105~4111 google schola

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