조세특례제한법상 세액공제 대상으로서 전산시스템 위탁연구개발비용의 적격 연구개발비 여부

서보국

doi:10.29305/tj.2022.8.191.169

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자료유형: 학술저널

저자정보: 서보국 (충남대학교)

저널정보: 한국법학원 저스티스 저스티스 통권 제191호

발행연도: 2022.8

수록면: 169 - 199 (31page)

DOI: 10.29305/tj.2022.8.191.169

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최근 주요 선진국과 OECD 회원국 대다수가 자국의 과학기술의 발전을 위해 기업의 연구·개발에 대한 세제혜택을 강화하는 추세에 있다. 이는 제조업뿐만 아니라 소프트웨어 산업인 IT 분야나 하드웨어 산업인 반도체분야에서도 마찬가지이다. 우리나라도 이러한 경향에 동참하고 있으며 계속적인 과학기술의 발전과 기업의 연구·개발에의 투자를 강조하고 있다. 이러한 경향에도 불구하고 소프트웨어의 연구·개발에 대한 조세특례는 줄어들고 있었다. 기업에서 사용하는 전산시스템의 업그레이드나 차세대 전산시스템의 연구·개발과 관련하여 제조업 중심의 OECD 프라스카티 매뉴얼에 의존하여 전산시스템의 연구·개발에도 기존의 ‘불확실성’이라는 요건을 해석상 요구할 뿐만 아니라, 전산시스템을 연구·개발하는 자체 전담부서 및 위탁과 재위탁이 이루어질 수밖에 없는 구조적인 이유를 무시하고 전담부서 등에서 직접 수행해야만 한다는 엄격한 요건을 시행령 별표에 규정하였다. 이런 문제점으로 인해 계속적인 조세소송이 제기되었으며 2010년대 이후 지금까지 조세특례제한법 시행령 [별표 6]이 여러 번 개정되었음에도 불구하고 여전히 문제는 해결되지 않고 있다.
계쟁 사건들과 관련하여 여러 쟁점들이 혼재되어 있으나 그 중 가장 중요한 쟁점은 ① 수탁업체에게 위탁한 이 사건 시스템 개발이 조특법상 연구개발로 인정되는 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’에 해당하는지 여부, 즉 소프트웨어에 있어서 연구·개발의 의미를 OECD 프라스카티 매뉴얼상의 기준을 그대로 적용하여 판단할 것인지 여부와 ② 위탁 연구개발비와 관련하여 쟁점 비용이 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용이 아니라 연구개발의 성과물을 구입하는데 지출된 비용에 해당하는지 여부 및 ③ 전담부서가 직접 수행해야 한다는 요건과 관련하여 재위탁의 경우에는 재위탁을 한 기업과 재위탁을 받은 기업 중 어느 한 쪽에만 전담부서를 보유하고 있으면 충족되는지, 아니면 재위탁을 한 기업과 재위탁을 받은 기업 모두 전담부서가 있어야하고 재위탁받은 최종 수탁기업의 전담부서가 직접 수행해야 충족되는지 여부이다.

Recently, major advanced countries and most of the OECD member countries have a tendency to strengthen tax benefits for corporate R&D for the development of their own science and technology. This is the same not only in the manufacturing industry, but also in the IT field, which is the software industry, and the semiconductor field(hardware industry). Korea is also participating in this trend, emphasizing the continuous development of science and technology and investment in corporate R&D. Despite this trend, special tax exemptions for software R&D were decreasing. In relation to the upgrade of the computer system used by companies or the R&D of the next-generation computer system, it relies on the manufacturing-oriented OECD Frascati Manual to not only interpret the existing ‘uncertainty’ requirement for computer system R&D, but also strict requirements were stipulated in the attached table of the Enforcement Decree that the department in charge of R&D of the system and the structural reasons for entrusting and re-entrusting the system must be ignored and must be carried out directly by the department in charge. Due to these problems, continuous tax litigation has been raised, and the problem has not been resolved even though the separate table of the Enforcement Decree of the Restriction of Special Taxation Act has been revised several times since the 2010s.
Several issues are mixed in relation to the disputed cases, but the most important one is whether ① the development of the system entrusted to the consigned company falls under the ‘activities for achieving scientific or technological progress’ recognized as R&D under the Special Act. In other words, the meaning of R&D in software depends on whether the requirements of the OECD Frascati Manual can be applied as it is, ② Whether the cost at issue with respect to consigned R&D expenses is not the cost of consigning R&D services, but is the cost of purchasing the results of R&D, ③ in the case of re-consignment, it is necessary to determine whether the requirements are met by entrusting R&D services to a company with an exclusive department, that is, whether the department in charge of the final entrusted company that has been re-entrusted directly performed it.
In conclusion, issues ① and ② should be recognized as eligible R&D expenses through objective teleological legal interpretation in consideration of the recent special regulations on software R&D expenses in the US, an advanced country in the IT field. Issue ③ is that there is no need to treat entrustment and re-entrustment separately in the case of special taxation due to the industrial structure, and as an exception to Korea’s regulations, which is different from the special taxation system of the United States, where the scope of tax credit varies according to the legal nature of the entrusted institution. It was argued that it is necessary to be recognized as an eligible R&D expense through the constitutional reduction application, which is a law-forming function of judges that is allowed.

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