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학술저널
저자정보
Jae-Young Choi (Subtropical Livestock Research Institute National Institute of Animal Science RDA Korea) 신동현 (Department of Animal Biotechnology Jeonbuk National University Korea) Jeong-Woong Park (Kyungpook National University) Kyung Hwan Kim (Department of Animal Science College of Natural Resources and Life Sciences Pusan National Universi) Jae-Don Oh (Chonbuk National University Korea) Byung-Wook Cho (3Department of Animal Science and Biotechnology Kyungpook National University)
저널정보
한국동물유전육종학회 Journal of Animal Breeding and Genomics Journal of Animal Breeding and Genomics Vol.6 No.3
발행연도
2022.9
수록면
99 - 106 (8page)

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The purpose of this study was to analyze the novel single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the gap junction protein alpha 4 gene (GJA4) identified in horse muscle RNA-seq and to predict structural changes of proteins by SNPs. In our previous study, we observed differentially expressed genes (DEGs) in Thoroughbreds before and after exercise through RNA-seq analysis. In addition, we conducted an evolutionary analysis using Thoroughbred and Jeju horse re-sequencing data. As a result, we discovered a novel SNP present in GJA4 (LOC22385534 C>G) in the evolutionarily selected gene in the Thoroughbred horse. Transcription factor (TF) binding sites in the 5′-regulatory region of this gene were identified via PROMO. Additionally, bioinformatics tools were used to predict the effect of non-synonymous SNPs (nsSNP) on function and stability. We identified the change of protein structure owing to the amino acid sequence change, which was proline to arginine according to nsSNP data. Our analysis will be useful as a basis for studying genes and SNPs that affect horses.
#DEG #GJA4 #Protein structure #SNP #Thoroughbred

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