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저자정보
Doo Ho Lee (Chungnam National University) Yeong Kuk Kim (Chungnam National University) Yoonji Chung (Chungnam National University) Dong Jae Lee (Chungnam National University) Dongwon Seo (Chungnam National University) Tae Jeong Choi (National Institute of Animal Science) Dajeong Lim (National Institute of Animal Science) Du-Hak Yoon (Kyungpook National University) Seung Hwan Lee (Chungnam National University)
저널정보
한국축산학회(구 한국동물자원과학회) 한국축산학회지 한국축산학회지 제63권 제6호
발행연도
2021.11
수록면
1,232 - 1,246 (15page)
DOI
10.5187/jast.2021.e117

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Recently, the cattle genome sequence has been completed, followed by developing a commercial single nucleotide polymorphism (SNP) chip panel in the animal genome industry. In order to increase statistical power for detecting quantitative trait locus (QTL), a number of animals should be genotyped. However, a high-density chip for many animals would be increasing the genotyping cost. Therefore, statistical inference of genotype imputation (low-density chip to high-density) will be useful in the animal industry. The purpose of this study is to investigate the effect of the reference population size and marker density on the imputation accuracy and to suggest the appropriate number of reference population sets for the imputation in Hanwoo cattle. A total of 3,821 Hanwoo cattle were divided into reference and validation populations. The reference sets consisted of 50k (38,916) marker data and different population sizes (500, 1,000, 1,500, 2,000, and 3,600). The validation sets consisted of four validation sets (Total 889) and the different marker density (5k [5,000], 10k [10,000], and 15k [15,000]). The accuracy of imputation was calculated by direct comparison of the true genotype and the imputed genotype. In conclusion, when the lowest marker density (5k) was used in the validation set, according to the reference population size, the imputation accuracy was 0.793 to 0.929. On the other hand, when the highest marker density (15k), according to the reference population size, the imputation accuracy was 0.904 to 0.967. Moreover, the reference population size should be more than 1,000 to obtain at least 88% imputation accuracy in Hanwoo cattle.
#Single nucleotide polymorphism (SNP) #Imputation #Hanwoo cattle #Reference population size #Marker density

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T H E Meuwissen / 2001 / Prediction of Total Genetic Value Using Genome-Wide Dense Marker Maps / Genetics 157(4):1819~1829 Crossref B. J. HAYES / 2009 / Increased accuracy of artificial selection by using the realized relationship matrix / Genetics Research 91(1):47~60 Crossref R Lande / 1990 / Efficiency of marker-assisted selection in the improvement of quantitative traits. / Genetics 124(3):743~756 Crossref H. J. Zheng / 2009 / QTL mapping of maize (Zea mays) stay-green traits and their relationship to yield / Plant Breeding 128(1):54~62 Crossref Z. Zhang / 2011 / Accuracy of genomic prediction using low-density marker panels / Journal of Dairy Science 94(7):3642~3650 Crossref

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