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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학위논문
- 저자정보
- 지도교수
- 한경숙
- 발행연도
- 2013
- 저작권
- 인하대학교 논문은 저작권에 의해 보호받습니다.
이용수1
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단백질 상호작용 데이터베이스에서 통상적으로 사용하는 검색기법은 사용자가 입력한 키워드 또는 ID와 일치하는 상호작용을 찾는 syntactic 기법이다. syntactic 기법은 검색조건의 의미와 부합하는 상호작용이 실제로 있더라도 구문적으로 일치하지 않으면 검색결과에서 제외된다는 단점이 있다. 본 논문은 유전자 온톨로지 (Gene Ontology)의 용어들의 관계를 추론하여 단백질 상호작용을 검색하는 시스템의 개발을 소개한다. 이 시스템은 유전자 온톨로지 용어들 사이에 ‘is-a'' 관계와 ''part-of'' 관계가 동시에 성립하는 경우에도 유전자 온톨로지 용어들의 관계를 정확히 추론하고, 사용자가 입력한 유전자 온톨로지 용어뿐 아니라 하위 유전자 온톨로지 용어와 관련된 단백질이 참여하는 상호작용도 빠짐없이 효율적으로 검색하는 장점이 있다. 유전자 온톨로지 추론에 기반한 단백질 상호작용 검색 서비스는 http://search.hpid.org/infergo에서 이용할 수 있다.
목차
제1장 서론 1제2장 관련 개념 및 용어 52.1 온톨로지와 OWL 52.2 OBO 52.3 유전자 온톨로지 62.3.1 Molecular Function 82.3.2 Biological Process 82.3.3 Cellular Component 82.4 유전자 온톨로지 관계 추론 규칙 92.4.1 ''is-a'' 관계 92.4.2 part-of'' 관계 102.4.3 ''regulates'' 관계 122.5 HPRD 172.6 BLAST 182.7 관련연구 202.7.1 AmiGO 202.7.2 IntAct 21제 3 장 사례연구 233.1 단백질 상호작용 데티터베이스 사례연구 (Intact) 233.1.1. 데이터 셋 233.1.2. IntAct의 단백질 상호작용 검색 방법 243.2 유전자 온톨로지 검색 사례연구 (AmiGO) 263.2.1 데이터 셋 263.1.2 AmiGO의 유전자 온톨로지 검색 방법 27제 4 장 유전자 온톨로지 추론 및 상호작용 검색 기법 284.1 유전자 온톨로지 관계 추론 기법 284.2 단백질 상호작용 검색 서비스 314.3 자동 업데이트 374.4 BLAST 41제 5 장 결과 43제 6 장 결론 48참고 문헌 49
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