이 논문은 해방정국과 6·25전쟁 시기에 발생한 민간인집단희생 사건과 한국기독교가 어떻게 관계되었는지 파악하고자 했다. 이를 위해 먼저 당시 민간인집단희생 사건을 상술하고 이것에 나타난 내적논리가 무엇인지 파악했다. 본 연구자는 이것을 상호 적대를 기조로 한 냉전의 진영논리라고 보았다. 이 진영논리는 자신을 긍정적 자아로, 자신과 입장이 다른 개인이나 집단을 부정적 타자로 규정하는 경직된 이원론에 근거하고 있었다. 일부 기독교인들은 냉전의 진영논리에 동조·연동하면서 이를 자신의 신앙체계 안에서 신념화 했다. 이것이 가능할 수 있었던 것은 기독교가 이원론에 익숙한 문화를 갖고 있었기 때문이었다. 즉 자신과 자신이 속한 진영을 선과 진리로, 자신과 입장이 다른 개인과 집단을 악과 거짓으로 규정하는 이원론이 기독교의 중요한 문화 중에 하나였다.
“Ⅱ. 해방 직후 진영 형성과 기독교”에서는 2차 세계대전 이후 공산주의 진영과 자본주의 진영이 형성되는 과정과 냉전의 진영논리가 확산되는 과정을 살펴보았다. 미국의 기독교, CCIA, WCC 일부 교단들이 이 진영논리에 동조·연동했다. 이 진영논리는 자신을 선으로 타자를 악으로 규정하는 경직된 이원론과 부정적 타자를 배제·제거하여야 한다는 배타적 속성을 지니고 있었다. 이러한 현상은 미군정·이승만정부와 한국 교회에서도 마찬가지로 나타났다. 특히 일부 한국 기독교인들은 부정적 타자로 분류된 특정집단과 개인을 붉은 용, 공산독균, 사탄의 진영 등과 같이 비인간화하기도 했다.
Ⅲ-Ⅵ에서는 남북분단과 6·25전쟁 시기 민간인학살에 가담한 기독교인들의 활동을 살펴보았다. 우선 당시 발생한 민간인집단학살 사건을 비교적 상세하게 기술하였다. 이를 통해 집단학살이 정책이었으며, 국가권력의 지휘와 명령 의해 발생했다는 것을 확인했다. 그런데 이 정책에는 지침과 논리가 존재했다. 그것은 공산주의 적대를 근간으로 하는 진영논리이었다.
한편 학살에 가담한 기독교인들은 두 가지 부류로 나누어졌다. 우선 국군·경찰·검찰 등 국가의 핵심권력기관에 속해 있으면서 국민보도연맹원 결성을 주도하거나, 집단 살해를 지휘하고 명령한 기독교인들이다. 두 번째는 학살이 자행되는 현장에서 이에 가담한 교인들이다. 그런데 이들은 처형될 자를 분류하는 일에 주로 가담했다. 따라서 어떤 논리와 지침을 가지고 처형될 자를 분류하였는지 파악했다. 이 논문은 이것을 신념화된 냉전의 진영논리라고 보았다. 기독교적인 용어로 표현하면, 그것은 공산주의를 적대하는 배타적 신앙이었다. 배타적 신앙은 자신을 선으로 자신과 입장이 다른 개인과 집단을 악으로 규정하는 경직된 이원론과 부정적 타자를 배제·제거해야 한다는 배타적 속성을 가지고 있었다. 이것이 기독교인들이 민간인학살에 가담한 논리이고 이는 그들의 활동과 주장을 통해 확인되었다.
“Ⅶ. 6·25전쟁 시기 기독교인희생 사건”에서는 북한당국과 기독교인들의 갈등과 북한당국이 점차 기독교인들을 배제·제거 과정을 다루었다. 이러한 배제·제거 정책이 6·25전쟁 개전 이후 기독교인에 대한 집단살해로 이어진 것으로 추정했다. 북한도 냉전의 진영논리에 따라 기독교인들을 적대시한 것이다. 이는 북한 당국의 치안문서에서 일부 확인되었다. 한편 손양원, 서기훈, 강성갑 등은 진영을 넘어 양측 모두를 포용하고자 했다. 그런데 이들에게서 발견되는 공통된 특징은 진영 논리에 동조·연동하기보다 기독교적 가치, 특히 십자가의 신앙에 따라 행동했다는 점이다. 이들에게 나타나는 공통점은 모두 순교하였다는 점과 그들의 희생이 자신과 입장이 다른 타자들의 생명을 살리는 결과로 이어졌다는 점이다. 이들은 약자에 대한 보호, 좌우와 남북의 화해, 용서의 삶을 살다 희생되었다. 따라서 이 세 가지 주제는 해방 이후 계속된 한국 사회와 기독교의 문제를 풀 수 있는 길을 제공한다고 생각한다.