Identification of the genome sequence of a novel amalgavirus species by analysis of a chia seed transcriptome dataset :치아의 종자에서 유래한 전사체 데이터 분석을 통한 신규 식물 아말가바이러스 종의 유전체 서열 발굴

이지석

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자료유형: 학위논문

저자정보: 이지석 (중앙대학교, 중앙대학교 대학원)

지도교수: 한윤수

발행연도: 2020

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2020

Identification of the genome sequence of a novel amalgavirus species by analysis of a chia seed transcriptome dataset

이지석 생명과학과 2020.01 학위논문

2019

Identification of a novel plant RNA virus species of the genus Amalgavirus in the family Amalgaviridae from chia (Salvia hispanica)

이지석 , 고철준 , 박동빈 외 1명 Genes & Genomics 2019.01 학술저널

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치아(chia; Salvia hispanica)의 종자에서 유래한 전사체 데이터를 분석하여 새로운 식물 RNA 바이러스인 살비아 히스파니카 RNA 바이러스 1(ShRV1)의 유전체 서열을 발굴하였다. 치아는 꿀풀과(family Lamiaceae)의 개화식물로 다양한 종류의 영양 성분이 풍부한 종자를 생산한다. ShRV1의 유전체 서열은 두 개의 단백질을 암호화하는 ORF를 가지고 있으며, 기존에 알려진 아말가바이러스와 높은 서열 유사성을 보인다. 아말가바이러스는 식물, 곰팡이, 동물에 감염하는 이중사슬 RNA 바이러스이다. ShRV1 바이러스의 RNA중합효소(RdRp)는 +1 계획적 틀 이동(PRF) 메커니즘에 의해 ORF1과 ORF2가 융합되어 합성된다. +1 PRF가 일어나는 두 ORF의 경계에서 화적으로 보존된 서열UUU_CGU가 발견되었다. 총 31 개의 아말가바이러스를 비교 분석한 결과, RdRp 단백질의 융합 위치는 단 3 곳만이 반복적으로 이용됨이 밝혀졌다. 본 연구에서 발굴한 ShRV1은 치아에서 발견된 신종 바이러스이며, 아말가바이러스 유전체의 진화 연구에 유용한 정보로 활용될 수 있다.

I. Introduction 1
II. Materials and Method 6
1. Chia transcriptome dataset 6
2. Known viral RdRp motif sequences 6
3. Identification of virus genome-derived contigs 7
4. Sequence and phylogenetic analyses 8
III. Results and Discussion 9
1. Identification of Salvia hispanica RNA virus 19
2. Analysis of the +1 PRF consensus sequence 12
3. Phylogenetic position of ShRV1 17
4. Analysis of ORF1/ORF2 boundary positions 20
5. Conclusion 22
IV. Appendices 23
References 28
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