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SH-1 균주는 Rhodobacteraceae 과에 속하는 신균으로서 대한민국의 통영에서 채취된 흰다리새우 Litopenaeus vannamei의 장내용물에서 분리되었다. PacBio RS II 분석법을 이용하여 얻어진 전장유전체의 길이는 3,892,138 bp이며 66.1%의 G+ C 함유량을 가지고 있다. 이 유전체는 3,649개의 CDS와 47개의 RNA, 76개의 유사유전자를 포함하여 총 3,772개의 유전자를 가지고 있는 것으로 분석되었다. 콜리신 생산 단백질과 비타민 생합성 유전자 클러스와 관련된 하위체계(subsystem)가 존재하는 것이 확인되었다. 본 결과는 이 균주와 숙주인 새우의 공생관계를 이해하는데 도움을 줄 것이다.
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Arndt D / 2016 / PHASTER : a better, faster version of the PHAST phage search tool / Nucleic Acids Res 44:W16~21
Aziz RK / 2008 / The RAST Server : rapid annotations using subsystems technology / BMC Genomics 9:75
Chin CS / 2013 / Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from longread SMRT sequencing data / Nat. Methods 10:563~569
Corbari L / 2008 / Bacterial symbionts and mineral deposits in the branchial chamber of the hydrothermal vent shrimp Rimicaris exoculata : relationship to moult cycle / Aquat. Biol 1:225~238
Cowart DA / 2017 / Investigation of bacterial communities within the digestive organs of the hydrothermal vent shrimp Rimicaris exoculata provide insights into holobiont geographic clustering / PLoS one 12:e0172543
Aziz RK / 2008 / The RAST Server : rapid annotations using subsystems technology / BMC Genomics 9:75
Chin CS / 2013 / Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from longread SMRT sequencing data / Nat. Methods 10:563~569
Corbari L / 2008 / Bacterial symbionts and mineral deposits in the branchial chamber of the hydrothermal vent shrimp Rimicaris exoculata : relationship to moult cycle / Aquat. Biol 1:225~238
Cowart DA / 2017 / Investigation of bacterial communities within the digestive organs of the hydrothermal vent shrimp Rimicaris exoculata provide insights into holobiont geographic clustering / PLoS one 12:e0172543
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