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신종 균주 SC52는 한국의 남해 연안에서 채집된 해삼 Apostichopus japonicus의 장에서 분리되었다. 이 균주는 기존에 알려진 Rhodobacteraceae 과에 속하는 균주들과 유사도가 낮은 것(16S rRNA 유전자 유사도 95.9% 이하)으로 확인되었다. 유전체 서열을 PacBio RS II를 이용하여 분석한 결과, 하나의 염색체(2.6 Mbp)와 일곱 개의 원형 플라스미드(15 kb~391 kb) 그리고 한 개의 선형(7 kb) 플라스미드 서열이 확인되었으며, 총 3,853개의 유전자, 3,794개의 CDS, 49개의 tRNA 그리고 9개의 rRNA 서열이 포함된 것으로 나타났다. 유전체 분석결과 영양분으로 사용될 수 있는 다양한 비타민과 아미노산의 생합성 관련 유전자들이 확인되었으며 이는 해삼에서 자주 발견되는 Rhodobacteraceae 집단의 유전적 다양성을 연구하는데 기여할 것이다.
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Arndt D, Grant JR, Marcu A, Sajed T, Pon A, Liang Y, and Wishart DS. 2016. PHASTER: A better, faster version of the phast phage search tool. Nucleic Acids Res. 44, W16?W21.
Aziz RK, Bartels D, Best AA, DeJongh M, Disz T, Edwards RA, Formsma K, Gerdes S, Glass EM, and Kubal M. 2008. The RAST server: Rapid annotations using subsystems technology. BMC Genomics 9, 75.
Chin CS, Alexander DH, Marks P, Klammer AA, Drake J, Heiner C, Clum A, Copeland A, Huddleston J, and Eichler EE. 2013. Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from longread SMRT sequencing data. Nat. Methods 10, 563?569.
Elifantz H, Horn G, Ayon M, Cohen Y, and Minz D. 2013. Rhodobacteraceae are the key members of the microbial community of the initial biofilm formed in Eastern Mediterranean coastal seawater. FEMS Microbiol. Ecol. 85, 348?357.
Gao F, Tan J, Sun H, and Yan J. 2014. Bacterial diversity of gut content in sea cucumber (Apostichopus japonicus) and its habitat surface sediment. J. Ocean U. China 13, 303?310.
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Chin CS, Alexander DH, Marks P, Klammer AA, Drake J, Heiner C, Clum A, Copeland A, Huddleston J, and Eichler EE. 2013. Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from longread SMRT sequencing data. Nat. Methods 10, 563?569.
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