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저자정보
Chon, Jae Kyung (Department of Chemistry, Interdisciplinary Program in Bioinformatics, Seoul National University) Choi, Jongkeun (Department of Chemistry, Seoul National University) Kim, Sang Soo (Department of Bioinformatics, Soongsil University) Shin, Whanchul (Department of Chemistry, Interdisciplinary Program in Bioinformatics, Seoul National University)
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제3권 제2호
발행연도
2005.1
수록면
55 - 60 (6page)

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Peroxiredoxins (Prx's) are a superfamily of peroxidases that are ubiquitous in all super-kingdoms. Previous biochemical and structural studies have suggested that Prx's could be divided into five subfamilies (1-Cys, Typical 2-Cys, Atypical 2-Cys C-, L- and R- types). In this work, we have developed a set of regular expression patterns describing subfamily-specific spatial constraints of the key catalytic residues. Using these patterns, 1,016 Prx's available in public databases were classified into the five subfamilies. Our method performed well for most of the types except for Atypical 2 Cys R type.

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