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저자정보
Kim Jun-Sub (Korea Centers for Disease Control and Prevention) Jang Jun-Hyeong (Korea Centers for Disease Control and Prevention) Kim Jeong-Min (Korea Centers for Disease Control and Prevention) Chung Yoon-Seok (Korea Centers for Disease Control and Prevention) Yoo Cheon Kwon (Korea Centers for Disease Control and Prevention) Han Myung-Guk (Korea Centers for Disease Control and Prevention)
저널정보
질병관리본부 Osong Public Health and Research Persptectives Osong Public Health and Research Persptectives Vol.11 No.3
발행연도
2020.1
수록면
101 - 111 (11page)

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Objectives Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) emerged in Wuhan, China, in December 2019 and has been rapidly spreading worldwide. Although the causal relationship among mutations and the features of SARS-CoV-2 such as rapid transmission, pathogenicity, and tropism, remains unclear, our results of genomic mutations in SARS-CoV-2 may help to interpret the interaction between genomic characterization in SARS-CoV-2 and infectivity with the host. Methods A total of 4,254 genomic sequences of SARS-CoV-2 were collected from the Global Initiative on Sharing all Influenza Data (GISAID). Multiple sequence alignment for phylogenetic analysis and comparative genomic approach for mutation analysis were conducted using Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA), and an in-house program based on Perl language, respectively. Results Phylogenetic analysis of SARS-CoV-2 strains indicated that there were 3 major clades including S, V, and G, and 2 subclades (G.1 and G.2). There were 767 types of synonymous and 1,352 types of non-synonymous mutation. ORF1a, ORF1b, S, and N genes were detected at high frequency, whereas ORF7b and E genes exhibited low frequency. In the receptor-binding domain (RBD) of the S gene, 11 non-synonymous mutations were observed in the region adjacent to the angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) binding site. Conclusion It has been reported that the rapid infectivity and transmission of SARS-CoV-2 associated with host receptor affinity are derived from several mutations in its genes. Without these genetic mutations to enhance evolutionary adaptation, species recognition, host receptor affinity, and pathogenicity, it would not survive. It is expected that our results could provide an important clue in understanding the genomic characteristics of SARS-CoV-2.
#mutation #SARS-CoV-2 #evolutions

목차

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Wrapp D / 2020 / Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation / Science 367(6483):1260~1263 google schola Rehman SU / 2020 / Evolutionary trajectory for the emergence of novel coronavirus SARS-CoV-2 / Pathogens 9(3):E240 google schola The Johns Hopkins Center for Health Security: nCoV Genetics google schola Chan JF / 2020 / Genomic characterization of the 2019 novel human-pathogenic coronavirus isolated from a patient with atypical pneumonia after visiting Wuhan / Emerg Microbes Infect 9(1):221~236 google schola Ou X / 2017 / Crystal structure of the receptor-binding domain of the spike glycoprotein of human betacoronavirus HKU1 / Nat Commun 8:15216 google schola

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