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자료유형
학술저널
저자정보
Arockiasamy Santhiagu (National Institute of Technology Calicut) Ponniah Saravana Perumal (National Institute of Technology Calicut) Stevin Wilson (National Institute of Technology Calicut)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.38 No.10
발행연도
2016.1
수록면
977 - 984 (8page)

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Hepatitis C virus infection (HCV) alarmingly increases worldwide; it causes chronic hepatitis, liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma, so there is urgent need of developing effective and sufficient quantity of vaccine. HCV envelope protein E2 is the main target for developing as a vaccine candidate. Presently recombinant proteins can successfully be used as a vaccine for many diseases. This concern, it is challenging to produce sufficient quantities of many recombinant proteins from their expression hosts. One of the main factors affecting the success of expression of foreign genes in heterologous hosts is the divergence of codon usage of the target gene from that used in the expression system. In this study, we optimized the various genotypes of HCV envelope protein E2 gene according to the codon usage of Pichia pastoris and predicted the expression level. Synonymous codon usage of E2 adapted to that used by P. pastoris was estimated using the relative synonymous codon usage value (RSCU), codon adaptation index (CAI) and effective number of codon (ENC). The CAI of optimized HCV E2 sequences was enhanced from 0.638 to 0.833 and %GC was decreased from 56.05 to 44.05; this was significantly (p\0.01) different from the native sequences. Codon with RSCU value less than one was replaced with most preferred synonymous codons. The ENC values of optimized HCV E2 sequences varied from 47.00 to 47.50, with a mean value of 47.15 and an SD of 0.14. Our study suggested that, from the measured values of predicted expression level, the codon optimized HCV E2 protein could be produced in sufficient quantity in the expression host; knowledge of the codon usage patterns of E2 of various genotypes facilitate the production of a promising unique vaccine candidate for HCV.

목차

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참고문헌 (32)

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Anderson SGE / 1990 / Codon preferences in free living microorganisms / Microbiol Rev 54:198~210 google schola Carlini DB / 2003 / In vivo introduction of unpreferred synonymous codons into the Drosophila Adh gene results in reduced levels of ADH protein / Genetics 163:239~243 google schola Choo QL / 1989 / Isolation of a cDNA clone derived from a blood borne non-A, non-B viral hepatitis genome / Science 244:359~362 google schola Cregg JM / 1993 / Recent advances in the expression of foreign genes in Pichia pastoris / Biotechnology 11:905~910 google schola Dubuisson J / 1996 / Hepatitis C virus glycoprotein folding: disulfide bond formation and association with calnexin / J Virol 70:778~786 google schola

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