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논문 기본 정보

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학술저널
저자정보
이동근 (신라대학교) 김주희 (신라대학교) 이상현 (신라대학교)
저널정보
한국생명과학회 생명과학회지 생명과학회지 제32권 제3호
발행연도
2022.3
수록면
249 - 255 (7page)

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대사는 생존과 번식에 필수적이다. 2020년에 업그레이드된 COG (cluster of orthologous proteins) 데이터베이스에는 “pathways” 항목이 있다. 본 연구에서는 COG pathways를 이용하여 1,309개의 원핵생물의 대사 경로를 분석하였다. 63개의 대사경로와 관련된 822개의 COG가 있었고, 각 분류단위의 대사관련 COG의 평균은 200.50개 (phylum Mollicutes)에서 527.07개(phylum Cyanobacteria)의 사이였다. MPCR을 대사경로구성율(하나의 게놈에 존재하는 COG 수 / 각 대사 경로를 구성하는 COG의 총 수)로 정의하였다. MPCR이 100%인 대사경로의 수는 원핵생물에 따라 0에서 26의 범위였다. 다수의 원핵생물에서 100% MPCR인 대사경로는 세포벽 합성과 관련된 murein biosynthesis (922종), glycine cleavage (918종), ribosome 30S subunits (903종) 등이었다. MPCR이 0%인 대사경로(종의 수)는 photosystem I (1,263종), A/V (archaea/vacuolar)-type ATP synthase (1,028종) 및 Na⁺-translocation NADH dehydrogenase (976종) 등이었다. 원핵생물에 따라 3~49개의 대사경로를 전혀 수행할 수 없었다. MPCR의 보존성이 높은 대사경로의 순서는 ribosome 30S subunit (1,309종의 96.1%), murein biosynthesis (86.8%), arginine biosynthesis (80.4%), serine biosynthesis (80.3%) 및 aminoacyl-tRNA synthetases (82.2%) 등이었다. 단백질과 세포벽 합성이 원핵생물에서 중요한 대사경로인 것을 알 수 있었다. 본 연구의 결과와 원핵생물 사이의 대사경로와 관련된 COG는 항생제 및 인공세포의 개발 등에 활용될 수 있을 것이다.
#COG (cluster of orthologous proteins) #conservative metabolic pathway #MPCR (metabolic pathway composition ratio) #prokaryotes

목차

서론
재료 및 방법
결과 및 고찰
References
초록

참고문헌 (12)

참고문헌 신청
Caspi, R., Billington, R., Ferrer, L., Foerster, H., Fulcher, C. A., Keseler, I. M., Kothari, A., Krummenacker, M., Latendresse, M., Mueller, L. A., Ong, Q., Paley, S., Subhraveti, P., Weaver, D. S. and Karp, P. D. 2016. The MetaCyc Database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of Pathway/Genome Databases. Nuc. Acids Res. 44, D471-D481. google schola Das, S., Paul, S., Bag, S. and Dutta, C. 2006. Analysis of Nanoarchaeum equitans genome and proteome composition: indications for hyperthermophilic and parasitic adaptation. BMC Genomics 7, 186. google schola Edwards, A. M., Addo, M. A. and Dos Santos, P. C. 2020. Extracurricular functions of tRNA modifications in microorganisms. Genes (Basel) 11, 907. google schola Firrao, G., Gibb, K. and Streten, C. 2005. Short taxonomic guide to the genus ‘Candidatus Phytoplasma'. J. Plant Pathol. 87, 249-263. google schola Glass, J. I., Lefkowitz, E. J., Glass, J. S., Heiner, C. R., Chen, E. Y. and Cassell, G. H. 2000. The complete sequence of the mucosal pathogen Ureaplasma urealyticum. Nature 407, 757-762. google schola

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