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저자들은 이전에 711개의 원핵생물에서 COG (Clusters of Orthologous Groups of proteins)를 분석한 결과를 보고하였다. COG 데이터베이스는 2020년에 1,309개의 원핵생물 게놈들을 사용하여 대폭 업데이트되었다. 이에 COG와 원핵생물 측면에서 업데이트된 4,877개의 COG를 구성하는 3,455,853개의 단백질들에 대한 분석 결과를 보고한다. 각 원핵생물이 보유한 COG 종류의 수는 97에서 2,281개의 사이였으며, 평균은 1,430.0개이고 표준편차는 414.2개였다. 문(phylum) 수준에서 보유 COG의 평균 수는 Mollicutes가 497.86개로 최소였고, Cyanobacteria가 1,642.90개로 최대였다. 가장 높은 보유 COG 개수를 가진 상위 10개 종은 모두 Proteobacteria였으며, 하위 10개 중 9개는 시험관 내에서 배양할 수 없는 Candidatus 구성원이었다. 각 COG에 속하는 단백질의 수는 2개에서 22,048개 사이였으며, 상위 11위 COG들은 12,000개 이상의 단백질을 포함하였다. 상위 11개 중 5개는 DNA에 결합하고 유전자 발현에 관여하는 COG로, 원핵생물에서 유전자 발현 조절의 중요성을 알 수 있었다. COG 데이터베이스는 게놈에 포함된 유전자를 식별하고 균주 개선을 위한 유전자를 선택하는 데 사용할 수 있어 많은 활용이 기대된다.
목차
서론
재료 및 방법
결과 및 고찰
References
초록
참고문헌 (17)
참고문헌 신청
Fraser, C. M., Eisen, J. A. and Salzberg, S. L. 2000. Microbial genome sequencing. Nature 406, 799-803.
Galperin, M. Y., Makarova, K. S., Wolf, Y. I. and Koonin, E. V. 2015. Expanded microbial genome coverage and improved protein family annotation in the COG database. Nucleic Acids Res. 43, D261-D269.
Gillingham, A. K. and Munro, S. 2007. Identification of a guanine nucleotide exchange factor for Arf3, the yeast orthologue of mammalian Arf6. PLoS One 2, e842.
https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COG2020/data/
Kang, H. Y., Shin, C. J., Kang, B. C., Park, J. H., Shin, D. H., Choi, J. H., Cho, H. G., Cha, J. H., Lee, D. G., Lee, J. H., Park, H. K. and Kim, C. M. 2002. Investigation of conserved gene in microbial genomes using in silico analysis. J. Life Sci. 5, 610-621.
Galperin, M. Y., Makarova, K. S., Wolf, Y. I. and Koonin, E. V. 2015. Expanded microbial genome coverage and improved protein family annotation in the COG database. Nucleic Acids Res. 43, D261-D269.
Gillingham, A. K. and Munro, S. 2007. Identification of a guanine nucleotide exchange factor for Arf3, the yeast orthologue of mammalian Arf6. PLoS One 2, e842.
https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COG2020/data/
Kang, H. Y., Shin, C. J., Kang, B. C., Park, J. H., Shin, D. H., Choi, J. H., Cho, H. G., Cha, J. H., Lee, D. G., Lee, J. H., Park, H. K. and Kim, C. M. 2002. Investigation of conserved gene in microbial genomes using in silico analysis. J. Life Sci. 5, 610-621.
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